Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T05
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttact--tcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG
||   |    ||  |||  ||        |  |  |  ||| ||    | |||  |     ||   |  |  |        | ||  | | | |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| |||
tactgggctctac-ctttgaacatgcaccaagtagtactta-gagaagtaattgtatttgcattactttttgttacctgtttctaaatgtctgttttttcagCATGCAAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGAGCGGTGACATTGTTGACATGAAAGAGCGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33094165|gb|CF054159.1|CF054159
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|149105497|gb|EE291022.2|EE291022
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|148949760|gb|EC895243.2|EC895243
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32865500|gb|CF005182.1|CF005182
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|87153540|gb|DY398329.1|DY398329
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|211183836|gb|FL001293.1|FL001293
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|6563680|gb|AW231407.1|AW231407
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACNCAACTTCAGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|110951685|gb|EE171737.1|EE171737
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|78023704|gb|DV492091.1|DV492091
EST:     GATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: GATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|60339469|gb|DN206442.1|DN206442
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32933905|gb|CF038717.1|CF038717
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|87153294|gb|DY398083.1|DY398083
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|60339592|gb|DN206565.1|DN206565
EST:     AAATTGCGGTTTGAATGTTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAATTGCGGTTTGAATG-TTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33093954|gb|CF053948.1|CF053948
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|19822809|gb|BQ048833.1|BQ048833
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|83279239|gb|DV943247.1|DV943247
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32932271|gb|CF037083.1|CF037083
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32934718|gb|CF039530.1|CF039530
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|211183835|gb|FL001292.1|FL001292
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|78083039|gb|DV511432.1|DV511432
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32910520|gb|CF015332.1|CF015332
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33093289|gb|CF053283.1|CF053283
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG
 gattgat  putative branch site (score: 4)
                                      tgtttttttttcgtc  putative PPT
     attagaaaaaaatagt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG