Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttact--tcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG
||   |    ||  |||  ||        |  |  |  ||| ||    | |||  |     ||   |  |  |        | ||  | | | |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| |||
tactgggctctac-ctttgaacatgcaccaagtagtactta-gagaagtaattgtatttgcattactttttgttacctgtttctaaatgtctgttttttcagCATGCAAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGAGCGGTGACATTGTTGACATGAAAGAGCGGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33094165|gb|CF054159.1|CF054159
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32932271|gb|CF037083.1|CF037083
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32910520|gb|CF015332.1|CF015332
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33101243|gb|CF061203.1|CF061203
EST:     AAAATTGCGATTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|19822657|gb|BQ048681.1|BQ048681
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32865500|gb|CF005182.1|CF005182
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|213187664|gb|FM193192.1|FM193192
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|211513336|gb|FL030352.1|FL030352
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|18450589|gb|BM428867.1|BM428867
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|87153294|gb|DY398083.1|DY398083
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|18648823|gb|BM497642.1|BM497642
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32932914|gb|CF037726.1|CF037726
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|6563680|gb|AW231407.1|AW231407
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACNCAACTTCAGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|20301660|gb|BQ164603.1|BQ164603
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|13149865|gb|BG320187.1|BG320187
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33093954|gb|CF053948.1|CF053948
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|18649404|gb|BM498223.1|BM498223
EST:     AAAATTGCGGNTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|110951685|gb|EE171737.1|EE171737
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|78023704|gb|DV492091.1|DV492091
EST:     GATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: GATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|149105497|gb|EE291022.2|EE291022
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32933905|gb|CF038717.1|CF038717
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|148949760|gb|EC895243.2|EC895243
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|67015054|gb|CO443803.1|CO443803
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33093243|gb|CF053237.1|CF053237
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|60339592|gb|DN206565.1|DN206565
EST:     AAATTGCGGTTTGAATGTTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAATTGCGGTTTGAATG-TTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32931972|gb|CF036784.1|CF036784
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|67040881|gb|CO467136.1|CO467136
EST:     A-TTGCNGTTTTGAATGT-ATTANGATAATGACACAACTTCANGGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGA
genomic: AATTGCGGTTT-GAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGG-AAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGA
EST: gi|19822809|gb|BQ048833.1|BQ048833
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|83279239|gb|DV943247.1|DV943247
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|78083039|gb|DV511432.1|DV511432
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|22819616|gb|BU499706.1|BU499706
EST:     AAAATTGCGGCTTGAATGCTATTAGGATAATGACACAACTTCTAGGAAAG                         CATGCTAATGGGGAAAATGCGTGGGTTGGCA
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCA
EST: gi|211183836|gb|FL001293.1|FL001293
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32937379|gb|CF042198.1|CF042198
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32934062|gb|CF038874.1|CF038874
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|33093289|gb|CF053283.1|CF053283
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32933723|gb|CF038535.1|CF038535
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|67013378|gb|CO442127.1|CO442127
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32942856|gb|CF047675.1|CF047675
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|87153540|gb|DY398329.1|DY398329
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32944113|gb|CF048932.1|CF048932
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32945086|gb|CF049905.1|CF049905
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|32934718|gb|CF039530.1|CF039530
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: gi|18450491|gb|BM428769.1|BM428769
EST:     AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG                         CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 516

CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 298

CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 226

CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 233

CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG
 gattgat  putative branch site (score: 233)
                                      tgtttttttttcgtc  putative PPT
     attagaaaaaaatagt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taggagaacataggcttctaatggatttgagatgtttgttatgattgattattagaaaaaaatagttacttcgatgacatgtatgtttttttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATATTGTCGATATGAAAGAGCGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - -gaacata
- - - - - - ggcttct
- - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtatg