Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccactctatgctcttccctctcttaagttcctatttccagatagacaaacacttgcattctttaattggagaaaaaaatgcagATAATAAACGATGAAGATGGTGGTGTGCATAAAAGATATGCTTCTCCCTCATTGCGTGATAGGGTTGTGCAACCTTCACGTGCTTCCTCTCATTCAAGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052078_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052078_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os04g42840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtatgccactcta-tgctcttccctctcttaa----gttcctatttccagatagacaa--acacttgcattctttaattggaga----aaaaaatgcagATAATAAACGATGAAGATGGTGGTGTGCATAAAAGATATGCTTCTCCCTCATTGCGTGATAGGGTTGTGCAACCTTCACGTGCTTCCTCTCATTCAAGTG
||| |  | | |  |  ||||   | | || |    ||| | | ||||  | | | ||  ||||   ||  |||||||     |    |||  |||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| |||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||  || ||| ||||||
gtacggaattatgcttatcttttgtatattcaccccgttacaacttccctacaaataagcacaccctcacgctttaatgtataactacaaatgatgcagACTATAAACGATGAAGATGGGGGTGTGCACAAGCGGTATGCTTCACCCTCTCTTCGTGAGAGGGTTGTGCAGCCTTCTCGTTCTTTATCACATGCAAGTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctatttccagatagacaaacacttgcattctttaattggagaaaaaaatgcagATAATAAACGATGAAGATGGTGGTGTGCATAAAAGATATGCTTCTCCCTCATTGCGTGATAGGGTTGTGCAACCTTCACGTGCTTCCTCTCATTCAAGTG
                               ctttaat  putative branch site (score: 4)
                            attctttaatt  TA-rich tract