Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggcataactatccttgattgttgtcgtatttcttttgattactttacttgttcacttcaggttccactcattgcgttatttgctttgatgcagCAACTGGCAAGCGATTCCTGGTCTGTTGCAATTGAATATGCATTAGGGAGGTTATTAGATGCTTTCATTGTCTCATGTCATAAGGATTCACTCGTTTTAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G025340_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32943157|gb|CF047976.1|CF047976
EST:     ACATGAGTAAATTCAAATGCCCTCCTATTGGTCCAATAGGATATCATCTG                         CAACTGGCAAGCGATTCCTGGTCTGTTGCAATTGAATATGCATTAGGGAGG
genomic: ACATGAGTAAATTCAAATGCCCTCCTATTGGTCCAATAGGATATCATCTGgtatggcata ... tttgatgcagCAACTGGCAAGCGATTCCTGGTCTGTTGCAATTGAATATGCATTAGGGAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttactttacttgttcacttcaggttccactcattgcgttatttgctttgatgcagCAACTGGCAAGCGATTCCTGGTCTGTTGCAATTGAATATGCATTAGGGAGGTTATTAGATGCTTTCATTGTCTCATGTCATAAGGATTCACTCGTTTTAC
                                            ctttgat  putative branch site (score: 5)
                                        tttgcttt  CT-rich tract
                                     ttattt  TA-rich tract