1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtgattttatatcactactttttctcatcatgttctgttcttgcttgtggttcactgggtaactgattaatgttgtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTAGTGGCTACAGCGATCTTTGCCAGAAGCTGGAGGAGATGTTTGACATCC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G017187_T02 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|76011838|gb|DT939008.1|DT939008
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|26559041|gb|CA831276.1|CA831276
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|22935977|gb|BU572252.1|BU572252
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GGAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAAGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|211379152|gb|FL031588.1|FL031588
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTACACCTGACAAAGCTTEST: gi|87156368|gb|DY401157.1|DY401157
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|22542116|gb|BU092554.1|BU092554
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|211002036|gb|FL118778.1|FL118778
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|76016629|gb|DT943799.1|DT943799
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTEST: gi|87155859|gb|DY400648.1|DY400648
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
EST: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAG GTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
genomic: AACGTTCACCTCTTGAATCCCAAAGCCGGCAAGTGAGGAGCTGTACCAAGgtgattttat ... gtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTT
atgttctgttcttgcttgtggttcactgggtaactgattaatgttgtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTAGTGGCTACAGCGATCTTTGCCAGAAGCTGGAGGAGATGTTTGACATCC
gattaat putative branch site (score: 98)
attaatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgattttatatcactactttttctcatcatgttctgttcttgcttgtggttcactgggtaactgattaatgttgtgcacacagGTAATTATGCAAGGAATGGCAGTAGGAAGGGCTGTAGACCTGACAAAGCTTAGTGGCTACAGCGATCTTTGCCAGAAGCTGGAGGAGATGTTTGACATCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG