Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaaaattgttcacttttccctgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttgtgatgatctctgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005308_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005308_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os11g04200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaca-aaaattgttcacttttccctgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttgtgatga-tctctgtctct-cagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG
||| | |||||  |||| || |||   |||||||  |      |||  |||  |||  ||||   ||||| | | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||| ||||
gtaaataaaatccttcatttctcc--atgatgtttatacggttgagcatttcatgtcatgatttctctctctttttgcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCAGATGCTGCAATGCTTGCTCCTGAAGAAATTTTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAAGAAGAAGCAGAACTTACACAAGCTG

upper sequence: GRMZM2G005308_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G09590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtacaaaaattgttcacttttccc-----tgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttg-tgatgatctctgtctctc------agATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG
||| || || | ||   |||   |     | || |  || |   ||    | |  | |  ||   |||   | || ||  |      ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||| ||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||    || |||||| |||| |
gta-aagaactattttttttaatcaaatttatgtttctgtttcttccatttatcatatactgacaatgtattatgccttccctgggtagATTGCACCTGTGGCTGTTTCAGATGCTGCTATGTTGGCACCTGAGGAGGTATTTGATGGGAAAGGTGATATTAAGGAAGAAACAGAGCTTACAAAGGCAG

upper sequence: GRMZM2G005308_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA05G02340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtacaaaaattgttcacttttccc-----tgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttg-tgatgatctctgtctctc------agATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG
||| | |  |  ||   ||||  |     | || |  ||||   ||    |  | | |  ||   |||   | || ||  |      ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||| ||| ||||||| || || |||||| ||||||||||    ||||||||| |||| |
gtaaagagctattttttttttatcaaatttatgtttctgcttcttccatttactgtattctgacaatgtattatgccttccctgggtagATTGCACCTGTGGCTGTTTCAGATGCTGCTATGTTGGCTCCTGAGGAGGTATTTGATGGCAAGGGTGATATTAAGGAAGAAACAGAACTTACAAAGGCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60347217|gb|DN214190.1|DN214190
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|211462206|gb|FL207483.1|FL207483
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|211459691|gb|FL207478.1|FL207478
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|24769907|gb|CA405036.1|CA405036
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|211183290|gb|FL434310.1|FL434310
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|60394413|gb|DN227283.1|DN227283
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|71764578|gb|DR962515.1|DR962515
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|71761969|gb|DR959906.1|DR959906
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|211183291|gb|FL434311.1|FL434311
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|31364214|gb|CD448569.1|CD448569
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|211462204|gb|FL207481.1|FL207481
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAR                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATC
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|76011806|gb|DT938976.1|DT938976
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|60353438|gb|DN220411.1|DN220411
EST:     ATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: ATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|40303495|gb|CK347882.1|CK347882
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
EST: gi|37392792|gb|CF633649.1|CF633649
EST:     TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAG                         ATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA
genomic: TTGAGGATATGTCTGTGCAAGCAAATGTGCCTGCTTTAGCCATGGAAGAGgtacaaaaat ... tgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttgtgatgatctctgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG
                                         tctctgtctctc  CT-rich tract
                         ttttttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacaaaaattgttcacttttccctgtgatgttgctctatcagagtgttttttgttgtgatgatctctgtctctcagATTGCACCTGTAGCTGTTTCGGATGCTGCAATGCTTGCCCCTGAAGAGATATTTGAAGGAAAAGGTGATGTTAAGGAAGAGGGGGAACTTACACAGGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG