Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G801369_T02
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g68260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG
  | ||||||| |||| | ||||||||  || |||   ||||||| ||||| ||||      | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||
--gtggagtggcatctgc-actgttct--tagctttgcttgaagc-tgtatgcttatgcccggctttttgcagAATGACTTAGTCCATGGATGGGGCCTCGATTTCGCTCTTAGAAGATGTGTTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56461966|gb|CK986264.1|CK986264
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32838018|gb|CD977696.1|CD977696
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78120790|gb|DV539174.1|DV539174
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32837052|gb|CD976730.1|CD976730
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6021059|gb|AW065987.1|AW065987
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6601788|gb|AW256229.1|AW256229
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|211502844|gb|FL437375.1|FL437375
EST:     GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32917091|gb|CF021903.1|CF021903
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|50331568|gb|CO526694.1|CO526694
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32839016|gb|CD978697.1|CD978697
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32832999|gb|CD972677.1|CD972677
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|12973204|gb|BG268364.1|BG268364
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG
                                ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                          ttgttttct  putative PPT
                              tattcttacatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG