Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttatgccatattctctgcatatttaactaagcaagagaagaagttggtcaaatgcatgttattgctcaaccacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgttttttaacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G415846_T02
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G415846_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g47350.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
gtttgttatgccatattctctgcatatttaactaagcaagagaagaagttggtcaaatgcatgttattgctcaaccacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgtttttta-acctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC
||| ||| || |  |  |       ||||| ||||||| |||| | |  |||| |    | |||  |   |         ||||      ||||  | | | |   | |  | ||| ||| | |||||||| || |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||   |||| | |  |  ||||||||   |
gttagttttgtcgcacacatattgcatttagctaagcaggagaggta--tggttagtcacttgtcttcattt---tgattctgtatgctctcta--aacgtgttgctgccatctttcttacatctgcagGCAGTCATGTACATCCTGTGCTTTCGCTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAGGCACAGCTTTTTAACATGCCATTTGGATATATCTTGACAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6918320|gb|AW399850.1|AW399850
EST:     GACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: GACAGCAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
EST: gi|14245072|gb|BG873654.1|BG873654
EST:     CAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAG                         GCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA
genomic: CAAATCCTATAAAGCACCAGCTATTTTATGCTAGCTGCCAGgtttgttatg ... taacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accacccctgttcctgttctagcatcatatgctttctgtgttttttaacctgcagGCTGTGATGTATGTCCTATGCTTTCGGTTAAGATCTATTATGGACTACCCAAATCTTAAACAACAACTTTTTCGAATGCGAATCCGGGATATCTTGGTCC
                                          ttttaac  putative branch site (score: 2)
                               ctttctgtgtttttt  CT-rich tract
                                      tgttttttaa  TA-rich tract