Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagaattgattcatgcacgtgagttgggtcctcctccatgtgtgctctgcttacaatggcaagctctgtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCAGGGCGGGTGAAGTTTGTGTCTGTGCCGGGAGGTCATCTTGGTATCTCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374779_T03
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32854010|gb|CD993691.1|CD993691
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|5740401|gb|AI948091.1|AI948091
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71426905|gb|DR807955.1|DR807955
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|40335885|gb|CK369955.1|CK369955
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|60353728|gb|DN220701.1|DN220701
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|166579498|gb|EG058710.1|EG058710
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTT
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTT
EST: gi|18175059|gb|BM350447.1|BM350447
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|91871940|gb|EB401897.1|EB401897
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71331117|gb|DR802384.1|DR802384
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|37387680|gb|CF631038.1|CF631038
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71312843|gb|DR792950.1|DR792950
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|211181803|gb|FL472365.1|FL472365
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|32909020|gb|CF013832.1|CF013832
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|84969821|gb|DW468238.1|DW468238
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|18167192|gb|BM337031.1|BM337031
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgggtcctcctccatgtgtgctctgcttacaatggcaagctctgtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCAGGGCGGGTGAAGTTTGTGTCTGTGCCGGGAGGTCATCTTGGTATCTCCA
                         tgcttac  putative branch site (score: 2)
                            ttacaat  TA-rich tract