Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcctaacccgattcgatccttaaatcttatagtgcaaaatttatagcctattgtcagccctagttctatctgatgtagtggtgtttcttggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G331032_T01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G331032_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g46510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
-atcctaacccgattcgatccttaaatcttatagtg-caaaatttatagcctattgtcagc-cctagttctatctgatgtagtggtgtttcttggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
 |    ||  | ||    | ||| | | ||||  ||  ||||| |     | | | |      || |||  | |  |||   |    ||| ||| |  |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
caaaaaaaaac-atcttctgcttcattgttatgctgataaaatgtgccttcgagtttggttatcttgtttaacc--atgctttctgatttgttgtttctgtagGTTCCTATGTTTACTGCTTCTGGGTTACGAGTTCGGTTCCTTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149083895|gb|EE173270.2|EE173270
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|60356037|gb|DN223010.1|DN223010
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|18660565|gb|BM500930.1|BM500930
EST:     GGTGAAAAGAAGTCATGGGAACAGACCAC-TATCCAGATGGGAATTCC-G                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGGTTACGTGTTNGCTTCNTTAA
genomic: GGTGAAAAGAAGTCATGG-AACAGACCACCTATCCAGATGG-AATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAA
EST: gi|5847424|gb|AW000503.1|AW000503
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCNCTGCNTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|4886096|gb|AI677216.1|AI677216
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|78022244|gb|DV490631.1|DV490631
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|60354626|gb|DN221599.1|DN221599
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|6012529|gb|AW061966.1|AW061966
EST:     CTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: CTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|7145566|gb|AW507047.1|AW507047
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|37396642|gb|CF635614.1|CF635614
EST:     GACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: GACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|76282278|gb|DV021846.1|DV021846
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|71304028|gb|DR788135.1|DR788135
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|211534676|gb|FL445694.1|FL445694
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|211271326|gb|FL168764.1|FL168764
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|6101968|gb|AW126438.1|AW126438
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|31354959|gb|CD439316.1|CD439316
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTT
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTT
EST: gi|37375113|gb|CF623970.1|CF623970
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|4609486|gb|AI600325.1|AI600325
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCNCCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCNCTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|91054998|gb|EB165416.1|EB165416
EST:     GGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCCAG                         GTTCCA-TGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTNGT-CGCTTC
genomic: GGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCC-AGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGT-GTTCGCTTC
EST: gi|91054997|gb|EB165415.1|EB165415
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|31250241|gb|CD219265.1|CD219265
EST:     GGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCNGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: GGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|32932355|gb|CF037167.1|CF037167
EST:     TGGGTGAAAAGAAGCCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|32932405|gb|CF037217.1|CF037217
EST:     TGGGTGAAAAGAAGCCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
EST: gi|37383436|gb|CF628735.1|CF628735
EST:     TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAG                         GTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
genomic: TGGGTGAAAAGAAGTCATGGAACAGACCACCTATCCAGATGGAATTCCAGgtaatacact ... ggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcctattgtcagccctagttctatctgatgtagtggtgtttcttggtcatgtagGTTCCAATGTTCACTGCTTCTGGTTTACGTGTTCGCTTCCTTAAG
                       atctgat  putative branch site (score: 4)
                                       tttcttg  putative PPT