Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcatttctgataattttcttgcaatgtctagcttgcagatatttaatttaagttgtctttgacggctaaacagatcattatgtatagttatgtaactgctacaatttatcctgcacaatgccgattaatgttgatgcttctgcattgtgctgtgtaacccgcaaaccatatgaacactgattttgtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAACCCTTATATGTAAAACGGCGGGAGCAACTAAAGCAGCTTGTTTCGTCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G305254_T04
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G305254_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g58240.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtgcatttctgataattttcttgcaatgtctagcttgcagatatttaatttaagttgtctttgacggctaaacagatcattatgtatagttatgtaactgctacaatttatcctgcacaatgccgattaatgttgatgcttctgcattgtgctgtgtaacccgcaaaccatatgaacactgattttgtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAACCCTTATATGTAAAACGGCGGGAGCAACTAAAGCAGCTTGTTTCGTCCA
                                                                                      ||| |   |||     || |||| | ||| |   | | |||| ||  ||||  || ||  ||||  | ||| |      ||| ||     || ||  | | ||||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||  || | |||||| | ||| ||||||
--------------------------------------------------------------------------------------tagctg-ataagcatcacgattt-ttctgtatggtac-gattgattgtgataattttgtcttgttatatgttaagtatgaactat-----caatgtgtcttttta--cagCCGCATCTACAAAGAACAAAGTTATGTGACATGGATGACAGAGAGCTTGACCCCTTATATGTAAAAAGGCGGGATGAATTGAAGCAGGTCGTTGCGTCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|160481497|gb|EY254329.1|EY254329
EST:     ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAG                         CCACATCTTCAAAGAACAAAATTA
genomic: ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAGgtgcatttct ... gtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTA
EST: gi|19057930|gb|BM736597.1|BM736597
EST:     ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAG                         CCACATCTTCAAAG
genomic: ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAGgtgcatttct ... gtttatgcagCCACATCTTCAAAG
EST: gi|18963930|gb|BM660710.1|BM660710
EST:     ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAG                         CCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAA
genomic: ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAGgtgcatttct ... gtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAA
EST: gi|18963438|gb|BM660435.1|BM660435
EST:     ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAG                         CCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAA
genomic: ATTCTTTGGCAGTTATGGGCAACCACAGCACTGCTTTTAGCTTGCCCCAGgtgcatttct ... gtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcattgtgctgtgtaacccgcaaaccatatgaacactgattttgtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAACCCTTATATGTAAAACGGCGGGAGCAACTAAAGCAGCTTGTTTCGTCCA
                                   cactgat  putative branch site (score: 3)
                                         ttttgttt  CT-rich tract
                                        attttgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcatttctgataattttcttgcaatgtctagcttgcagatatttaatttaagttgtctttgacggctaaacagatcattatgtatagttatgtaactgctacaatttatcctgcacaatgccgattaatgttgatgcttctgcattgtgctgtgtaacccgcaaaccatatgaacactgattttgtttatgcagCCACATCTTCAAAGAACAAAATTATGTGATATGGAGGACAAAGAGCTTGAACCCTTATATGTAAAACGGCGGGAGCAACTAAAGCAGCTTGTTTCGTCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT