1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...gaccagttatcatcttatttcatttcagagatctgttttgtatggatctgagctgcatttgatatctgaccccatttgcaatgcacttgtttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAATAGTTGCTGCCAGTTTCTTTGTTCACGTTGATCCACAATCAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G143356_T01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAG GATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAEST: gi|86474171|gb|DY240541.1|DY240541
genomic: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAGgtaggttctt ... ttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
EST: AGACAGCAACTCTCTTCATAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAG GATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATTTAEST: gi|211269251|gb|FK955990.1|FK955990
genomic: AGACAGCAACTCTCTTCATAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAGgtaggttctt ... ttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
EST: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAG GATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAEST: gi|211269249|gb|FK955988.1|FK955988
genomic: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAGgtaggttctt ... ttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
EST: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAG GATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAEST: gi|211269248|gb|FK955987.1|FK955987
genomic: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAGgtaggttctt ... ttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
EST: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAG GATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
genomic: TAACAGTACTTGTGGTGGCATTTATGTTACAGgtaggttctt ... ttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTA
atctgagctgcatttgatatctgaccccatttgcaatgcacttgtttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAATAGTTGCTGCCAGTTTCTTTGTTCACGTTGATCCACAATCAA
atctgac putative branch site (score: 3)
cttgtttc putative PPT
atttgatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaccagttatcatcttatttcatttcagagatctgttttgtatggatctgagctgcatttgatatctgaccccatttgcaatgcacttgtttcatcacagGATGGCACTGCGAACTACTTGAAAGGACTTATGCTGATCCTATGTTATCTAATAGTTGCTGCCAGTTTCTTTGTTCACGTTGATCCACAATCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC