1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtgaggtaacatggcatgcaagtcattagtttgtctgaagtggagtatgcttatgcacttctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G119725_T01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATNGGGTCTTGAC-TTGCTCTTAGAAAATGTGTGEST: gi|148928292|gb|EE284900.2|EE284900
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGEST: gi|16927462|gb|BM080531.1|BM080531
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCTCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGEST: gi|71427884|gb|DR808934.1|DR808934
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGEST: gi|78073793|gb|DV502227.1|DV502227
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTTTTAGAAAATGTGTGEST: gi|149108357|gb|EE292695.2|EE292695
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGTTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
atgcaagtcattagtttgtctgaagtggagtatgcttatgcacttctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG
cacttct CT-rich tract
attagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaggtaacatggcatgcaagtcattagtttgtctgaagtggagtatgcttatgcacttctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG