Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgcttctgtcatcattgttaatgtatgttttcatcagtgcatttttaaacagttcctttaagatgtgagcatgcctatatcttcatgcccctttgttagATTGAAGAATTTCTAGCAACAGCTGATGAATATAATGAAGCGTCTGTTTCAAAATATTCGCCTAAGTCTGGGGAAATCCTTTGCAAACACAAGGGTAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G109651_T03
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93284105|gb|EB676369.1|EB676369
EST:     TAACGAAGCGATTGATAGAGTTTGAAAATACGGATTCTGGCAGCTTAACG                         ATTGAAGAATTTCTAGCAACAGCTGATGAATATAATGAAGCGTCTGTTTCA
genomic: TAACGAAGCGATTGATAGAGTTTGAAAATACGGATTCTGGCAGCTTAACGgtatgtccct ... cctttgttagATTGAAGAATTTCTAGCAACAGCTGATGAATATAATGAAGCGTCTGTTTCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaacagttcctttaagatgtgagcatgcctatatcttcatgcccctttgttagATTGAAGAATTTCTAGCAACAGCTGATGAATATAATGAAGCGTCTGTTTCAAAATATTCGCCTAAGTCTGGGGAAATCCTTTGCAAACACAAGGGTAAAG
                                   tcttcatgccccttt  CT-rich tract
            tttaagat  TA-rich tract