Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T04
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG
  || | |||| | || || ||          | | || |  |  |    |  ||||||||   ||  ||     |  |  ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||
gttagatcttgttcactaacaga---------aaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccagGTTCTCTCTAACGATAACTTCAAGTTTGGTTACAATGCTGCAACTGGACAGTACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACTAAG

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: Vv09s0002g03930.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
-----------------------------------------------gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaagg---------catggatctgaatcttatgtaaatgtt---ttctacacc-agGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG
                                                ||     ||       |  ||  ||   || | |   |||| ||           ||||   ||| |||||  |   |||||   ||||  | | ||||  | || | ||| ||    || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| || 
gtgtgccgtcagtttagattacattgtttacagaagttaaaaactcattatgtgctgtcagtttatggttacatttatttcctgaagttaaaaattgtttatccatgagcctggatctttagctgatgttatattctttatctagGTGTTGTCCAGTGACAATCCAAAATATGGTTACAATGCTGCAACTGGAAAATACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATAATTGATCCCACGAAA

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S15_485V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 8
--------------------------------------------------------------------------------------gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG-------
                                                                                      | | |||||||||   | |  | | || | | | ||||  || ||    |  |    |||||  | | |      |   || ||||| ||  | ||||| ||||     |  ||||| ||||||||||||||   ||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | |||       
gttggtgctacaatttatgtgattttggcatatgatgattttacatgtttttggtgggttacgttctggcgtcgtccagtgaagcgggagagcttgattgtgata--ttttacactttt-ccactatttaatttctaaa----aatctggtttga------tgaccaacagGTTCTAGCCAATGAAAACTCATCCTTCGGTTATAATGCTGCTACTGGTGTGTACGAGGATCTCATGGCCGCTGGTATCATCGACCCTGCAAAGGTTGTGA

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 8
----------------------------------------------------gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggat-ctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG
                                                     ||    |||  || | ||    | | |   ||    ||     | |  |||    | ||||   ||    |   | || || |||||  |  | |||   |||      |  || |||||||| ||||| ||    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
gttggtgccttagtgcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttagg---atgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgct-catcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110524823|gb|EE029007.1|EE029007
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|78080917|gb|DV509329.1|DV509329
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|13515993|gb|BG518269.1|BG518269
EST:     AATCGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGCTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|148983128|gb|EE029059.2|EE029059
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211019215|gb|FL365163.1|FL365163
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|4573295|gb|AI586854.1|AI586854
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|149099157|gb|EE185182.2|EE185182
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33094001|gb|CF053995.1|CF053995
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32945093|gb|CF049912.1|CF049912
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5055652|gb|AI734539.1|AI734539
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60343623|gb|DN210596.1|DN210596
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5069818|gb|AI737783.1|AI737783
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32912989|gb|CF017801.1|CF017801
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60342862|gb|DN209835.1|DN209835
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60395675|gb|DN228545.1|DN228545
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211360073|gb|FL471663.1|FL471663
EST:     ATTTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|24934364|gb|CA452582.1|CA452582
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5030570|gb|AI714764.1|AI714764
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|6601638|gb|AW256034.1|AW256034
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCTGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32837828|gb|CD977506.1|CD977506
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60355768|gb|DN222741.1|DN222741
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|4804136|gb|AI666002.1|AI666002
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|6031526|gb|AW076428.1|AW076428
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTNTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5761879|gb|AI966852.1|AI966852
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211500916|gb|FL458285.1|FL458285
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32933202|gb|CF038014.1|CF038014
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211268071|gb|FL357474.1|FL357474
EST:     ATTTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|71764883|gb|DR962820.1|DR962820
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGACAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211298346|gb|FL366289.1|FL366289
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32914512|gb|CF019324.1|CF019324
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211197446|gb|FL310846.1|FL310846
EST:     ATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: ATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|148961769|gb|EE012546.2|EE012546
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|120480889|gb|EH211078.1|EH211078
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 262

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 680

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 144

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 485

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG
                                        tgttttct  CT-rich tract
                               ttatgtaaatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAGTACGAGGACCTGATGGCTGCTGGTATCATTGACCCCACCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT