Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgctgaacatatatgtacataagtggcagtaatccacactctacagtctttgctttccctagcaagaatcaagcatgcaatgtgacatctatcttgtaaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGGTGAGAACAGGATTGGGTTTGCCAAATCTGCATGAGGACTGGAGTTCTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T06
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32839637|gb|CD979318.1|CD979318
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTAC-ACACTGTTTTTGA
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGA
EST: gi|78179647|gb|DV550020.1|DV550020
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|91876412|gb|EB406369.1|EB406369
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCCCCCTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|67023174|gb|CO451923.1|CO451923
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCNG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|211078124|gb|FL447287.1|FL447287
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTTTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACATTGTTTTTGACTTAGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|24768386|gb|CA403515.1|CA403515
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGAGTGTCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|24768986|gb|CA404115.1|CA404115
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGAGTGTCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|83278626|gb|DV942634.1|DV942634
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|76289739|gb|DV029307.1|DV029307
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|14242980|gb|BG840151.2|BG840151
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGTCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|32839672|gb|CD979353.1|CD979353
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|211384116|gb|FL248479.1|FL248479
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|60346328|gb|DN213301.1|DN213301
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|116822883|gb|EC866344.1|EC866344
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|76291014|gb|DV030582.1|DV030582
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|78023269|gb|DV491656.1|DV491656
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACCGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|60396697|gb|DN229564.1|DN229564
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACATACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTCTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|8577168|gb|BE129805.1|BE129805
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|109637704|gb|EC591249.1|EC591249
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|113633153|gb|DW791221.1|DW791221
EST:     TTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: TTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|32840610|gb|CD980291.1|CD980291
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|32858947|gb|CD998628.1|CD998628
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|5915565|gb|AW053206.1|AW053206
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|60348336|gb|DN215309.1|DN215309
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttccctagcaagaatcaagcatgcaatgtgacatctatcttgtaaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGGTGAGAACAGGATTGGGTTTGCCAAATCTGCATGAGGACTGGAGTTCTGC
                                            taaacatt  TA-rich tract