Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgctgaacatatatgtacataagtggcagtaatccacactctacagtctttgctttccctagcaagaatcaagcatgcaatgtgacatctatcttgtaaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGGTGAGAACAGGATTGGGTTTGCCAAATCTGCATGAGGACTGGAGTTCTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T04
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32839637|gb|CD979318.1|CD979318
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTAC-ACACTGTTTTTGA
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGA
EST: gi|67023174|gb|CO451923.1|CO451923
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCNG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|32858947|gb|CD998628.1|CD998628
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|60352365|gb|DN219338.1|DN219338
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|211384116|gb|FL248479.1|FL248479
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|5361060|gb|AI795675.1|AI795675
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|60349588|gb|DN216561.1|DN216561
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|8577168|gb|BE129805.1|BE129805
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|78021457|gb|DV489844.1|DV489844
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|113633153|gb|DW791221.1|DW791221
EST:     TTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: TTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
EST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
EST:     ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTG                         GATACTTGGTGATGTTTCTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG
genomic: ATCAGTGGGTTTATGGCATTTGACGTACCGCCTCCTCGTGGTCCTCTCTGgtacgctgaa ... aaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttccctagcaagaatcaagcatgcaatgtgacatctatcttgtaaacattcagGATACTTGGTGATGTTTTTATGGGTGCCTACCACACTGTTTTTGACTTCGGTGAGAACAGGATTGGGTTTGCCAAATCTGCATGAGGACTGGAGTTCTGC
                                            taaacatt  TA-rich tract