1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...tatgatatgtcccatttaaattctatacagtttttctttggtaccattgttatgtgtttcgaataaatccgttgatggagggactcattaacctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGGCTGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G065494_T01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATG AATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCAEST: gi|32943399|gb|CF048218.1|CF048218
genomic: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATGgtaagcatct ... acctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCA
EST: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATG AATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGA-CNTCACAAGATCCTATGCCTGEST: gi|22489164|gb|BU049087.1|BU049087
genomic: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATGgtaagcatct ... acctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAAC-TCACAAGATCCTATGCCTG
EST: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATG AATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGGEST: gi|18383894|gb|BM417094.1|BM417094
genomic: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATGgtaagcatct ... acctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGG
EST: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATG AATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGG
genomic: TAGAAGCTAATAGATTTTATGATGCTGTCAGTTGTCTGATGTCTTATATGgtaagcatct ... acctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGG
attgttatgtgtttcgaataaatccgttgatggagggactcattaacctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGGCTGGAG
cattaac putative branch site (score: 301)
cctttac CT-rich tract
aataaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatgatatgtcccatttaaattctatacagtttttctttggtaccattgttatgtgtttcgaataaatccgttgatggagggactcattaacctttacagAATGATAATGGTGGTTTTGCGACTTATGAACTCACAAGATCCTATGCCTGGCTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgatg