Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacttgggatttgtactgtcactcattttatgtgttcagtggttgctttccatggtgttcacaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064023_T01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064023_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os11g33240.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaaacttgggatttgtactgtcac-----tcattttatgtgttcagtggttgctttccatggtgttca-----caattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| ||||| | |     |    |||  |||||| | | |  | |||||| | || |     |  ||  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
gtatgcttgggatttatactgcctcaagagttgcattaattgttcaatagat-ttgtccatgttattgactgctctgttgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCACCAGTGGCTTCGTATGTTTACCGGAG

upper sequence: GRMZM2G064023_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaaacttgggatttgtactgtcac-----tcattttatgtgttcagtggttgctttccatggtgttcacaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| ||||| | |     |    |||  |||| | ||| |  ||||||||   |   |   |  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggat--tttccatgtactgacctggtgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTTC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGTCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|76284365|gb|DV023933.1|DV023933
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGGCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGC
EST: gi|31361054|gb|CD445411.1|CD445411
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTACCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|67033527|gb|CO462276.1|CO462276
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTTATGA-GACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTT-ATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTC
EST: gi|32859373|gb|CD999054.1|CD999054
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     TTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGANCA-TGGATTGCCAAAATCAAA                         N
genomic: TTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGA-CAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatag-
EST: gi|211399063|gb|FL099822.1|FL099822
EST:     TTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGANCA-TGGATTGCCAAAATCAAA                         N
genomic: TTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGA-CAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatag-
EST: gi|5915419|gb|AW053060.1|AW053060
EST:     GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTACCAAAATCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGCGAATTTCAAAAAGCTTATGACAATGGATTGCCAAAATCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttatgtgttcagtggttgctttccatggtgttcacaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG
                                      aattattgtttgtata  TA-rich tract