1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gtcaaaatgcaattttcttttattataagtggtcaaattctaattgtttgtgttatcgatggtgctagtgtctccaatatgttttgtattggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGAACCTTGCAACAACCCTGGGTTCTCGGGAACAATTGGCAATTGCTGAAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G039263_T02 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|211469892|gb|FL096481.1|FL096481
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32929201|gb|CF034013.1|CF034013
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32928649|gb|CF033461.1|CF033461
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCGTTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|149074900|gb|EE163348.2|EE163348
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|22935598|gb|BU571873.1|BU571873
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|21389952|gb|BQ528001.1|BQ528001
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|113698246|gb|DW851226.1|DW851226
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGEST: gi|22521580|gb|BU080391.1|BU080391
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|67015007|gb|CO443756.1|CO443756
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32806379|gb|CD958613.1|CD958613
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GATGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|33094774|gb|CF054768.1|CF054768
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTCGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|37400207|gb|CF637451.1|CF637451
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32937857|gb|CF042676.1|CF042676
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32929620|gb|CF034432.1|CF034432
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32806779|gb|CD959013.1|CD959013
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTTAGTTTATCTGGAGEST: gi|32928302|gb|CF033114.1|CF033114
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32938970|gb|CF043789.1|CF043789
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTG-AATCAAATATG GTTGTTG-TGGGGGTGGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAEST: gi|166432412|gb|EG167710.1|EG167710
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGG-TGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGA
EST: GCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCEST: gi|24934261|gb|CA452479.1|CA452479
genomic: GCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATC
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32808822|gb|CD961056.1|CD961056
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32938969|gb|CF043788.1|CF043788
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|211469893|gb|FL096482.1|FL096482
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|60350871|gb|DN217844.1|DN217844
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|26559466|gb|CA831701.1|CA831701
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32937830|gb|CF042649.1|CF042649
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCCGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|31405908|gb|CD484640.1|CD484640
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|60343155|gb|DN210128.1|DN210128
genomic: CCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|31406183|gb|CD484915.1|CD484915
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGANCCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|84977527|gb|DW475949.1|DW475949
genomic: CATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAACCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|32939416|gb|CF044235.1|CF044235
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|67018449|gb|CO447198.1|CO447198
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|87157304|gb|DY402093.1|DY402093
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAGEST: gi|60337774|gb|DN204747.1|DN204747
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: TTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: TTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
gtttgtgttatcgatggtgctagtgtctccaatatgttttgtattggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGAACCTTGCAACAACCCTGGGTTCTCGGGAACAATTGGCAATTGCTGAAT
aatatgttttgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaaaatgcaattttcttttattataagtggtcaaattctaattgtttgtgttatcgatggtgctagtgtctccaatatgttttgtattggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAGAACCTTGCAACAACCCTGGGTTCTCGGGAACAATTGGCAATTGCTGAAT
- - -aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttttg