1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...caccaccaagattatggaaattctcgaatttcagtggaattttgccgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G028307_T02 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|32932602|gb|CF037414.1|CF037414
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGGTCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGEST: gi|211332968|gb|FL315995.1|FL315995
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAG
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|32940378|gb|CF045197.1|CF045197
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|32945347|gb|CF050166.1|CF050166
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGACTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAA ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|74237283|gb|DT645197.1|DT645197
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTAEST: gi|211028161|gb|FL322650.1|FL322650
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|211010841|gb|FL363378.1|FL363378
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|89760464|gb|DY688865.1|DY688865
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTAEST: gi|32940462|gb|CF045281.1|CF045281
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|211483893|gb|FL352028.1|FL352028
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTA
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
cgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAG
aataatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caccaccaagattatggaaattctcgaatttcagtggaattttgccgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
caccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacatga