1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaggtttgaaagtttagtttctaaaaaagaatgctactttttgattaatgttgtattttatatgcccgaactgtttttcctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G015989_T01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|211490742|gb|FL282858.1|FL282858
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|22491347|gb|BU051270.1|BU051270
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|60396892|gb|DN229711.1|DN229711
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|32867895|gb|CF007577.1|CF007577
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCCCTTAAATTGATTEST: gi|211490743|gb|FL282859.1|FL282859
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67018624|gb|CO447373.1|CO447373
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|211161903|gb|FL325520.1|FL325520
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTEST: gi|4226301|gb|AI396408.1|AI396408
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|7238275|gb|AW573542.1|AW573542
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|78081966|gb|DV510378.1|DV510378
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|116821908|gb|EC865261.1|EC865261
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CTCAAAAGTTGATGCAA-TATAGAGACCCTTGAGAACGCATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|32867923|gb|CF007605.1|CF007605
genomic: -TCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACG-ATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCCCTTAAATTGATTEST: gi|24769817|gb|CA404946.1|CA404946
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|37379284|gb|CF626383.1|CF626383
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|16926381|gb|BM079449.1|BM079449
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GCGGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|31356086|gb|CD440443.1|CD440443
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67018533|gb|CO447282.1|CO447282
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67024700|gb|CO453449.1|CO453449
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: AGAGACCCTTGCGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|29544666|gb|CB605046.1|CB605046
genomic: AGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67021281|gb|CO450030.1|CO450030
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|32935512|gb|CF040324.1|CF040324
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: TATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|26457560|gb|CA829143.1|CA829143
genomic: TATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|211181594|gb|FL462638.1|FL462638
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAATTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|211033566|gb|FL449282.1|FL449282
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67017327|gb|CO446076.1|CO446076
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTANAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|21891546|gb|BQ744759.1|BQ744759
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|40335213|gb|CK369283.1|CK369283
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|4834970|gb|AI670196.1|AI670196
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67011543|gb|CO440292.1|CO440292
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|67022736|gb|CO451485.1|CO451485
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|29945491|gb|CB815666.1|CB815666
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|211268018|gb|FL355151.1|FL355151
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|21987876|gb|BQ779404.1|BQ779404
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: -T-TAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGTAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATEST: gi|37380525|gb|CF627079.1|CF627079
genomic: ATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATG-AACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGAT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTEST: gi|19272604|gb|BM888860.1|BM888860
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
ctactttttgattaatgttgtattttatatgcccgaactgtttttcctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG
gattaat putative branch site (score: 3)
ctgtttttcctttac putative PPT
ttttgattaatgttgt TA-rich tract