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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcaaactttacttcttacatgaccacaaaccaccccatacctttattcaatcaaacagatatagtcaaatataacttggattggtctacttatgtatagGCTATTTCTGTGGCCGAAAGAGTATCTGATGAAAGGTGTGAACCATCACCTGGATCGAATGATTCACTGGTCGGATACCAAGTTCGTCTCGACAGTGCAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013283_T02
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G013283_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os04g35260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
--------ttcaaactttacttcttacatgaccacaaaccaccccatacctttattcaatcaaacagatatagtcaaatataacttggattggtctacttatgtatagGCTATTTCTGTGGCCGAAAGAGTATCTGATGAAAGGTGTGAACCATCACCTGGATCGAATGATTCACTGGTCGGATACCAAGTTCGTCTCGACAGTGCAC
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atctggtatgctagatatcctttttatatgatgatcacgcagcttatact-------aaacagatctagattgttgaatataacgtggtatag-ctactcacttgtagGCCATTTCAGTGGCTGAAAGAGTGTCTAGTGAGAGGTGTGAATCTTCTCCTGGATCTAAGGATTCTTTGGTCGGATATCAAGTTCGTCTTGACAGTGCTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcaatcaaacagatatagtcaaatataacttggattggtctacttatgtatagGCTATTTCTGTGGCCGAAAGAGTATCTGATGAAAGGTGTGAACCATCACCTGGATCGAATGATTCACTGGTCGGATACCAAGTTCGTCTCGACAGTGCAC
                        atataac  putative branch site (score: 3)
                                        tctactt  putative PPT
              atatagtcaaatataa  TA-rich tract