Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtctaaagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006507_T03
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006507_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g19510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
-----gtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtcta-aagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG
     |||  | | | ||| | |    | |  |||| || ||  || |||| ||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||
gtggagtgg-cactacatgttcaactttaacattgtttataacagtggtattcttacacactgtcttctgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGATTTCGCTCTAAGGAAATGTGTGGAG

upper sequence: GRMZM2G006507_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT2G28310.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
------------gtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtctaaa----gtgtagtatgcttacccact-------gcttc--atgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG
            ||  |  ||   | ||| |   |||||   || |||    |  |  | |  | | |   |       | |||  |||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| || || 
gttcgtcgatctgtagatacatagtcctagtc--ttagtccatcaaaataatgcttgttgttttgatcagtttgtttatgtttctgatgcagAATGATCTGGTTCATGGATGGGGTCTCGACTTTGCGCTTAGAAGATGCGTTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87153082|gb|DY397871.1|DY397871
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78106684|gb|DV525102.1|DV525102
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|74235735|gb|DT643649.1|DT643649
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGGAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|18964823|gb|BM661216.1|BM661216
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|31348516|gb|CD432873.1|CD432873
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTTACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|24763232|gb|CA398411.1|CA398411
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|22490474|gb|BU050397.1|BU050397
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|74237173|gb|DT645087.1|DT645087
EST:     TGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: TGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|88751496|gb|DY535637.1|DY535637
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78544004|gb|DV621502.1|DV621502
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctaatgcattagtttgtctaaagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG
                                tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                          ctgcttc  putative PPT
         attagttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtctaaagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG