1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gatatgtgaaattcgttcataatttgtccttgctatcactgttgtcacccctgaaagtttctgtttggactttaaaagtgattaatccaatgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGCCCGCTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACATTCCGCCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G871572_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGEST: gi|94474066|gb|EB703024.1|EB703024
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGEST: gi|44900666|gb|CK827211.1|CK827211
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
EST: GGCATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGEST: gi|211009140|gb|FL186793.1|FL186793
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGEST: gi|29129978|gb|CB380682.1|CB380682
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGEST: gi|78114654|gb|DV533042.1|DV533042
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... tgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTG
cacccctgaaagtttctgtttggactttaaaagtgattaatccaatgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGCCCGCTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACATTCCGCCAT
gattaat putative branch site (score: 63)
tttaaaagtgattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatatgtgaaattcgttcataatttgtccttgctatcactgttgtcacccctgaaagtttctgtttggactttaaaagtgattaatccaatgttacacagGTGCGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACAAACTGCCCGCTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACATTCCGCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - tccttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctgaa