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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggaacgattttatgttactattttagatatcgaaatttatcaactattggaacttgtgatctggaatattattttgtaatgtggatgctgtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATCGCAAATGCTGGATTAGAGTCATCCCGTGTTGATTTCTATGAGATTAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17931054|gb|BM268014.1|BM268014
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|30088105|gb|CB886310.1|CB886310
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|101395308|gb|EB819584.1|EB819584
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|211193824|gb|FL472434.1|FL472434
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|31909501|gb|CD650950.1|CD650950
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|110525002|gb|EE029186.1|EE029186
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|93281704|gb|EB673968.1|EB673968
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|78087734|gb|DV516127.1|DV516127
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|76921549|gb|DV168617.1|DV168617
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|31909499|gb|CD650949.1|CD650949
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAGGCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|76284259|gb|DV023827.1|DV023827
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|30306466|gb|CD001139.1|CD001139
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|149016999|gb|EE154316.2|EE154316
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|76936635|gb|DV174816.1|DV174816
EST:     GGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: GGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|29544660|gb|CB605040.1|CB605040
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|32864390|gb|CF004072.1|CF004072
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|76017958|gb|DT945128.1|DT945128
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
EST: gi|32862142|gb|CF001824.1|CF001824
EST:     TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAA                         GCCCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC
genomic: TTGGCCTTCAAGTCCTTGCAAGGATCAAAGGTTATGCTGATGCAGCTCAAgtaagccaca ... gtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattggaacttgtgatctggaatattattttgtaatgtggatgctgtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATCGCAAATGCTGGATTAGAGTCATCCCGTGTTGATTTCTATGAGATTAATG
                    aatattattttgtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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tggaacgattttatgttactattttagatatcgaaatttatcaactattggaacttgtgatctggaatattattttgtaatgtggatgctgtttatacagGCTCCGGAGCTTTTTACAACCACTCCAGCACTTGCAATACCAAAGGCTATCGCAAATGCTGGATTAGAGTCATCCCGTGTTGATTTCTATGAGATTAATG

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