Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G830776_T02
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaa-tacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttc-atatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
||||| ||| |||         || |   || || || ||||     || || || |   ||||| |||| | | ||   ||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
gtgctgaaggata--------acttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatga-ctgcaa---agATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                              |||| ||  |||    | |  |||      |     ||  |||||   |  || |||   |  | |   |   | |||||    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |    ||||||||  | ||||| ||  |||||
--------------------------gttgttaaaaa--tgtctcttcactatatg----aatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagctt--acaacaatttcatatg-actgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                             |  ||   | | ||||||   ||||      |     ||  |||||   |  ||  ||  |  ||  | |   ||   |  || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||||||  | ||||| ||  |||||
---------------------------gttaaaaatgtctcttcactatgaatatg----aatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttca-tatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                             ||||||   |  |  |||  |  |||  |  | |      ||| ||   |||   ||   ||| |||    | | ||||   |||| || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||| || || ||| |  |   ||||
---------------------------gttttaagg-ctcatctactacatttactcctca-agtccatattgatagtttatttctctaaacgattgaggtgtaactgt--agATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                     | ||  | | ||      ||||   | ||  ||  || |     |   | |||    |||  |  ||  |  ||||   |||  |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || |||||  |  | |||
---------------------gttatta-tctattttcctgtt--gtgaatttattgccatattttctcagttagat-ttattgaatatgatgattttgcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                     | ||  | | ||      ||||   | ||  ||  || |     |   | |||    |||  |  ||  |  ||||   |||  |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| || |||||  |  | |||
---------------------gttatta-tctattttcctgtt--gtgaatttattgccatattttctcagttagat-ttattgaatatgatgattttgcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcata-cactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
     | |||| | || || |  ||      | || | | || |  | |   ||  |  | |  ||||      ||   | |    || || | | |    || | |||  || |  | || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  | || |||||||| ||   ||| |||
---tcacagcagatcaatgcacacttg---ctcaacattgtgct-gcatgttatcaaaaagatcacttttgacaat--gtgaagatttccatccaat--gaattattgc--agGTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                                                                  | |  |    | |||   |   || || ||||    |   |   || | || ||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||| ||||||||
-----------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggac---caccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

upper sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ06496 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgact-gcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                                                                  | |  |    | |||   |     || ||||   |||| | |   || | || ||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||| ||||||||
-----------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggacc----accattttccatgagtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
                         agcttac  putative branch site (score: 3)
        ttcaatttattcatta  TA-rich tract