1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaagtggaaaggcatgcatttcagcatatttcaattgcaattagggactgctaagtgctaactactgtggctgctattgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTGAGAGAGCAAGGGCCACCTCCTCCTTTTGAACCAAATGGCGCACCACAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G817439_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTGGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|32838060|gb|CD977738.1|CD977738
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: ACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|37398555|gb|CF636593.1|CF636593
genomic: ACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|211231311|gb|FL465072.1|FL465072
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|32908236|gb|CF013049.1|CF013049
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: TGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|32838176|gb|CD977854.1|CD977854
genomic: TGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: ACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|37394775|gb|CF634664.1|CF634664
genomic: ACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|211077052|gb|FL065438.1|FL065438
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCAC-TCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|149107323|gb|EE189204.2|EE189204
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTEST: gi|50326202|gb|CO521328.1|CO521328
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
EST: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGG TCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
genomic: GTTGCTGAATTCCCAGCTCCACCGATATTGATGCCAGTACCTGGTGCTGGgtaagtggaa ... ttgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCT
caattgcaattagggactgctaagtgctaactactgtggctgctattgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTGAGAGAGCAAGGGCCACCTCCTCCTTTTGAACCAAATGGCGCACCACAT
tgctaac putative branch site (score: 87)
ttgttttc putative PPT
tattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtggaaaggcatgcatttcagcatatttcaattgcaattagggactgctaagtgctaactactgtggctgctattgttttcagTCCCTTGGGCCCATTTGTTCCTGCACCTCCAGAGATAGCGATGCATATGCTGAGAGAGCAAGGGCCACCTCCTCCTTTTGAACCAAATGGCGCACCACAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC