Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaattttcatctttttgttgttcgctcgaaccttccataatgttttgtctcagtgttttcatgatgttaaacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G432128_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtgaattttcatctttttgttgttcgctcgaaccttccataatgttttgtctcagtgttttcatgatgttaaac-ctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT
  | |  |   |  ||||||||||      ||   ||    | | ||| |||||    | ||||||| || |   |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
--gtaggtaacttgttttgttgttta---aaattctctgagaagcttt-tctcacatgtgtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211440945|gb|FL371134.1|FL371134
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|211423961|gb|FL408856.1|FL408856
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|32844962|gb|CD984643.1|CD984643
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTA
EST: gi|60338834|gb|DN205807.1|DN205807
EST:     CTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: CTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|21760011|gb|BQ635552.1|BQ635552
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|60352624|gb|DN219597.1|DN219597
EST:     CTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: CTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|211106972|gb|FL115259.1|FL115259
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|67031198|gb|CO459947.1|CO459947
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGNTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|149031177|gb|EE286335.2|EE286335
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATG
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATG
EST: gi|32844138|gb|CD983819.1|CD983819
EST:     GAGGTCTACGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGT
EST: gi|5915562|gb|AW053203.1|AW053203
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         G-ATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|67010786|gb|CO439535.1|CO439535
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|32846488|gb|CD986169.1|CD986169
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCG
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCG
EST: gi|31356012|gb|CD440369.1|CD440369
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|74237580|gb|DT645494.1|DT645494
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAA-TTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGT
EST: gi|60352979|gb|DN219952.1|DN219952
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|60343928|gb|DN210901.1|DN210901
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|67023195|gb|CO451944.1|CO451944
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|148961311|gb|EE012038.2|EE012038
EST:     -AGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAACATCGTCTTATTGATGACTTGGTTGCGTACCCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|211392274|gb|FL373436.1|FL373436
EST:     GAG-TCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAA-TTTGAGGCTGCTTGAATATT                         GTATGAGCATCGTCT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCT
EST: gi|67025371|gb|CO454120.1|CO454120
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|13198145|gb|BG354175.1|BG354175
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|74237579|gb|DT645493.1|DT645493
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|60347229|gb|DN214202.1|DN214202
EST:     ACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: ACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|21891602|gb|BQ744815.1|BQ744815
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|67019645|gb|CO448394.1|CO448394
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA
EST: gi|211197469|gb|FL425784.1|FL425784
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCSCTTAAGAGCGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 122

GTTTAAGGACATTTTCCAGGAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 402

GTTTAAGGACATTTTCCAGGAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 323

GTTTAAGGACATTTTCCAGGAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 405

GTTTAAGGACATTTTCCAGGAGGTCTATGAAGCTGACTGGAAGTCCAAATTTGAGGCTGCTGGAATATGgtgaattttc ... aacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcgaaccttccataatgttttgtctcagtgttttcatgatgttaaacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT
            ataatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaattttcatctttttgttgttcgctcgaaccttccataatgttttgtctcagtgttttcatgatgttaaacctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG