Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttcatagtccatttctccatcgctttatctgaaccatatttgcaatcttgatctgaccaagtttgcaacattgacacgattttgcgggattctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G420310_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G420310_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os12g07670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
cttcatagtccattt-ctccatcgctttatctgaaccatatttgcaatcttgatctgaccaagtttgcaacattgacacgattttgcgggattctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG
 ||  || |   | | || |||   | | |||   |  | | |  ||| || ||   |   |   |   |   |||||   |  |  |   | ||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
atttctaatatgtctgcttcatacatctgtctatgcactttgtttaattttaataatatggataatttgatcgtgaca-attcgtttgacttccttggcagGTTTATTATGTCTACGGCTTCATGCTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTAATAGTTACAATCTGTGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAATGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8103138|gb|AW927796.1|AW927796
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|21891547|gb|BQ744760.1|BQ744760
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|94476144|gb|EB705102.1|EB705102
EST:     TTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCGGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: TTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|31358755|gb|CD443112.1|CD443112
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|78022089|gb|DV490476.1|DV490476
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|60353188|gb|DN220161.1|DN220161
EST:     TCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCAGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: TCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|194716878|gb|FK934037.1|FK934037
EST:     GTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|7844572|gb|AW787794.1|AW787794
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|211367565|gb|FL335344.1|FL335344
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|60354201|gb|DN221174.1|DN221174
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|78079181|gb|DV507593.1|DV507593
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|60346086|gb|DN213059.1|DN213059
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|6022591|gb|AW067403.1|AW067403
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|60395872|gb|DN228742.1|DN228742
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|83278727|gb|DV942735.1|DV942735
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|211305971|gb|FL442632.1|FL442632
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|13515787|gb|BG518063.1|BG518063
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|89249565|gb|DY621351.1|DY621351
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTAT
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTAT
EST: gi|211305970|gb|FL442631.1|FL442631
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|16379626|gb|BI993061.1|BI993061
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|4647025|gb|AI622100.1|AI622100
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|4647026|gb|AI622101.1|AI622101
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|24766392|gb|CA401546.1|CA401546
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
EST: gi|67018280|gb|CO447029.1|CO447029
EST:     GCATCTTCATCGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTTCT-AT
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTT-CTTAT
EST: gi|60397922|gb|DN230738.1|DN230738
EST:     GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAG                         GTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA
genomic: GCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 182

CCTTACACCTTCTGTCATCTCATTGATGGGTGGCCTGCTTCCCTTCGGTAGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 144

CCTTACACCTTCTGTCATCTCATTGATGGGTGGCCTGCTTCCCTTCGGTAGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 189

CCTTACACCTTCTGTCATCTCATTGATGGGTGGCCTGCTTCCCTTCGGTAGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 209

CCTTACACCTTCTGTCATCTCATTGATGGGTGGCCTGCTTCCCTTCGGTAGCATCTTCATTGAGATGTACTTTGTGTTCACATCATTCTGGAACTATAAGgtaaacaagc ... ttctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttgatctgaccaagtttgcaacattgacacgattttgcgggattctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG
                        cattgac  putative branch site (score: 209)
                                             ttctttgc  putative PPT
                                            attcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttcatagtccatttctccatcgctttatctgaaccatatttgcaatcttgatctgaccaagtttgcaacattgacacgattttgcgggattctttgcagGTGTATTATGTCTATGGCTTCATGTTGCTGGTCTTTGTCATCCTTCTTATAGTCACCATCTGCGTCACTATTGTGGGTACTTATTTCTTGCTGAACGCCG

- - - - - - - -ctccatc
- - - - - - - - - - - - - - -ctgaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - atttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaaca