1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaaatgttcaatcattctccttttggatgcagttcaatgatatatacaattgtcttctgtggtaagtatcttttacatggactgaacggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAGAGATCTCAAGGAACCTGAAGAAGTATAGCAAGAAGTACGAACAAGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G174757_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGACCGAGAAGGAAGAAEST: gi|6994119|gb|AW453333.1|AW453333
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGACEST: gi|6564113|gb|AW231735.1|AW231735
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAEST: gi|32929752|gb|CF034564.1|CF034564
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGGTCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAEST: gi|149098248|gb|EE184214.2|EE184214
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAEST: gi|32928528|gb|CF033340.1|CF033340
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
EST: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAG TTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
genomic: CCTTCAGTGGCAAGCATCTTTACAAGGTGTCAAAGGATCATTTCTATCAGgtaaatgttc ... ggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAA
tatacaattgtcttctgtggtaagtatcttttacatggactgaacggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAGAGATCTCAAGGAACCTGAAGAAGTATAGCAAGAAGTACGAACAAGAAG
tatctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatgttcaatcattctccttttggatgcagttcaatgatatatacaattgtcttctgtggtaagtatcttttacatggactgaacggtggtacagTTTATATGGCGCCCGAGACCGCCCTCACTACTGACGGCCGAGAAGGAAGAAGAGATCTCAAGGAACCTGAAGAAGTATAGCAAGAAGTACGAACAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG