Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174286_T03
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
    | | || |  |  || | | |  ||     ||  |     ||||  | |||| |  |    | || |||   || | || ||| | | | ||||||||||| || ||  | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| ||
----gtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaag-----aatttagcttgctgaaacaggagagaaat--actaagttgagcct-tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCATCCGATTCTGAATTTCTTTTATTACTTG

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA05G26630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
                  |     | |    | | |      | | |  ||||    |||   | ||  || |  | | |  | |   ||| |    ||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||  || ||||||| || ||||| ||  | |||||||||
-------------gttagtccccttttctttaaaaacctcagtgattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgatcatattatattgtgt----cagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCATCCCATTCTGAATTTTATATATTACCTG

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G09640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
                  |   | | |    | | |     | |||||    ||||| |  | | |||   |         || |  || | | |  ||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||  || ||||||| || ||||| ||  | |||||||||
-------------gtcagtccctttttcttta-aaaacctcagcaattcctgttgcatggttcttaaattga-------gtttgattatat-tgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCATCCCATTCTGAATTTTATGTATTACCTG

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT1G14530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
---------------------gaatggaggtataaaag-atatgt-atctaggaagagaggggtatcaatt-atgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgt----atattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
                      | ||     || | |  |||| |  |  |   |       || |   |  || |  | |   |   | ||  |   |  | |  | | | | |    ||  |  |||||||| || ||||||||||  | |||||||||||||||||  |  | ||||||||||| |||||| | |||||| ||
gtaaagatatacacatcatactattgataccattagaccatatcttgttgattgaattctctgtgttggtggatctccgaaaccacagctaaccagatctttcatatcatcttctgttaatggtctagATGTGCTTTGATGCGTTTGACGATGCAGCAGATCTTGATGTCTTAGATCATCCAATCCTAAACTTCATATATTACTTG

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv01s0010g01740.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
----gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
    || |  | | | ||||  |  | | ||       |   |  ||   || | |    |  | |  |     |||    | | ||||   | || ||  ||||||||| |||||||||||||| |||| ||| | ||||||||| || | || ||||| || |||||  | |||||||||
ataagagtcaaagcacaaaa--tcagcaccttactgctgtatgacatttgtt-tatcaatatattttacctgacaattttatta-ttaattttctacatgacagATGTGCTTTAATGCGTTTGATCAAGCTGCAAACCTTGATGTTTTGGATCACCCAATTCTAAACTTTATATATTACCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18170253|gb|BM340093.1|BM340093
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|93284395|gb|EB676659.1|EB676659
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTTTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|149112907|gb|EE295706.2|EE295706
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88754539|gb|DY538680.1|DY538680
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5922262|gb|AW055551.1|AW055551
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|24765679|gb|CA400838.1|CA400838
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|71300276|gb|DR786208.1|DR786208
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|28985354|gb|CB350599.1|CB350599
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88749638|gb|DY533779.1|DY533779
EST:     GTATGTGACTACCATATGC-TTTCTTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GTATGTGACTACCATATGCTTTTC-TTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|78106688|gb|DV525106.1|DV525106
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5739982|gb|AI947672.1|AI947672
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|6095420|gb|AW120087.1|AW120087
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|45846980|gb|CN070923.1|CN070923
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|101383586|gb|EB813848.1|EB813848
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTTTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTTTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|18174253|gb|BM349641.1|BM349641
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|67017793|gb|CO446542.1|CO446542
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAAATGCGTT-GATAA-GCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCA
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAA-TGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCA
EST: gi|67020535|gb|CO449284.1|CO449284
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|211179297|gb|FL465342.1|FL465342
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|166554743|gb|EG174109.1|EG174109
EST:     CTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: CTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|37383767|gb|CF628916.1|CF628916
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|211215684|gb|FL434860.1|FL434860
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|31364203|gb|CD448558.1|CD448558
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCACATGCGTCATG                         ATGTCCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5757367|gb|AI964654.1|AI964654
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
                             cgctgac  putative branch site (score: 3)
                                          atgtatatt  TA-rich tract