Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtttgtatcttttactaattaacttgtatgaagagtatgcctttttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttgaatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168249_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168249_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g08790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
-agtttgtatcttttactaattaacttgtatgaagagtatgcctttttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttg--aatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC
 |    | |        ||   |||            | |  | |  |  |  ||  ||||||||| || ||  ||| |  |    | |||||     |  |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| | ||  || |  
caacaagcaatggcccata--caacgccccctcctgttgtcacatgctgtagggttctgttggcat-gtgttttattcaactgactattgcctacttgtacagGTAGCTGCTATGTCTGGTGATGCAAGGCGAGCCTTAGAAATATGTAGACGTGCAGCAGAGTTTGCAGATTACCGCGTTAAACAATCTGGGCACACTTCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32931679|gb|CF036491.1|CF036491
EST:     AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG                         GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: gi|15209030|gb|BI430914.1|BI430914
EST:     AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG                         GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: gi|15209031|gb|BI430915.1|BI430915
EST:     AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG                         GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: gi|60348765|gb|DN215738.1|DN215738
EST:     AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG                         GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: gi|60344624|gb|DN211597.1|DN211597
EST:     AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG                         GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttgaatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC
                                          cctttgctt  CT-rich tract
                      tattccatttatttt  TA-rich tract