Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttgagtggatgaacgctaatgcagcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G165351_T03
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os06g51430.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-----------------------------------------------------------------gtaagttttgagtggatga--acgctaatgc-agcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG
                                                                  |  || ||   |     |      ||| || |  |   | |  ||   ||||| | |||     || ||   |||||| |  |||||| || || |||||||| ||  ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||
gtaagttacagcgctggtccacgcaactattacttgagacaaaaaaaagaggcatttatctgtgcatccgtcttatttaagctattgtattaaagctattatgtgctgtgaggaattaatttgctgaactttttgc--ccacatca--agGACTCCTTATTACATATGTCGCCTTGAACCTTATGGACGGACATGGCCAACCTGCACTTCTCTACATAGTGCCCTTCACACTTG

upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv02s0025g03400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagttttgagtggatgaacgctaatgcagcagaagattggaaacat-taactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG
                                                                                                                  ||| |      || |  | ||  ||| | |  |||      | ||||     ||||   || |    |  |  | ||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||  | ||||||||||| ||||| || |
gtaaagtagcaataattgaatcaacctttttccggttaataatataccaagtatatgattcattaacaaaggatagaagattagcagctggaaatgacataatatttcccgtagttttatcactggaccctttatttagctggattttgttcttttgtaacgcctcatttaacgtattttgaactggt-agGTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCGGCACTCCTATACATCGTGCCATTCACACTGG

upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0046g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
-----------------gtaa--gttttgagtggatgaacgctaatgcagcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataat-cagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG
                   ||  ||||  | |  || || ||||         |   ||      | || ||   ||  |  ||| |  |    |  | ||||||| || ||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||  | ||||| || || ||||| || |
ggattttgcatttttatacaactgtttctattccataaatgctacaattttttat--ttatttttaatatctttttaagttgtgtttttcattcttgtgcagGACTCCTCATCACATATGTGGCCTTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCAGCTCTACTCTACATTGTTCCATTCACACTCG

upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: EFJ28538 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 12
gtaagttttgagtggatgaacgctaatgcagcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG
           |||      |  || | |  | |    |||  ||||  |          | |  |||||  |  |   ||||  |  |  | ||  | |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||| || | |||||| |
-----------gtgagcatccatta-tact-ctggcttttgtgaacacaa----------tgtcatgtggaaat-tgtacagGTTTGTTTCTTACGGACGTTGCATTGAACGTGATGCATGGGCATGGACAACCTGCCCTCCTCTACATCGTACCTTGCACTCTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112294|gb|EE295193.2|EE295193
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GATTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|67025992|gb|CO454741.1|CO454741
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|149073466|gb|EE161770.2|EE161770
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|149060142|gb|EE157102.2|EE157102
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTTTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|149086581|gb|EE176124.2|EE176124
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|22819684|gb|BU499774.1|BU499774
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GGCTTCTAATCCCATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|60397293|gb|DN230109.1|DN230109
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|20315451|gb|BQ169285.1|BQ169285
EST:     ACTTTTTGTGGGCGATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: ACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|211215781|gb|FL437227.1|FL437227
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|60356079|gb|DN223052.1|DN223052
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|91054682|gb|EB165100.1|EB165100
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTTTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|166633533|gb|EG317352.1|EG317352
EST:     GGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|32843028|gb|CD982709.1|CD982709
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|31406182|gb|CD484914.1|CD484914
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|74234147|gb|DT642061.1|DT642061
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|67024697|gb|CO453446.1|CO453446
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|32848049|gb|CD987730.1|CD987730
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
EST: gi|67017568|gb|CO446317.1|CO446317
EST:     GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTG                         GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC
genomic: GGGCTTACGGTCTGGTTACTTTTTGTGGGCAATGGTGGCCTATGGCTCTGgtaagttttg ... acataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG
                  cattaac  putative branch site (score: 2)
               aaacattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttttgagtggatgaacgctaatgcagcagaagattggaaacattaactggctatttcttgtgtggccacataatcagGACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA