1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aattagtttgagcaagtcagttcacggaagcaactgctataatgaaaacttcatatatctgcattgtgatgattaactccctcttcttcatgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G137707_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|67012698|gb|CO441447.1|CO441447
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTTCAG GCTCTATGT-GCGTATTCTGCTTCTGGCEST: gi|149107024|gb|EE188919.2|EE188919
genomic: TGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTT-CAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGC
EST: TTGGGAAGTGTTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGTTAAGATACATGCTCCCCGGATGGEST: gi|32935796|gb|CF040608.1|CF040608
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAAAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCCCCGGATGGEST: gi|71774748|gb|DR972626.1|DR972626
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|89106092|gb|DY576309.1|DY576309
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|88747666|gb|DY531807.1|DY531807
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCCCCGGATGGEST: gi|78108108|gb|DV526526.1|DV526526
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|17931045|gb|BM268005.1|BM268005
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|32936074|gb|CF040886.1|CF040886
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGACTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|71442203|gb|DR823253.1|DR823253
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|14204187|gb|BG837864.1|BG837864
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|32937138|gb|CF041957.1|CF041957
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|91874804|gb|EB404761.1|EB404761
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|18172389|gb|BM347777.1|BM347777
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|78122709|gb|DV541093.1|DV541093
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|67041530|gb|CO467785.1|CO467785
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|17932241|gb|BM269201.1|BM269201
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGEST: gi|74232442|gb|DT640356.1|DT640356
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
aaacttcatatatctgcattgtgatgattaactccctcttcttcatgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG
gattaac putative branch site (score: 17)
ctccctcttcttcatg CT-rich tract
tcatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattagtttgagcaagtcagttcacggaagcaactgctataatgaaaacttcatatatctgcattgtgatgattaactccctcttcttcatgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC