Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatgcttcatttattgatgtttctagtgtgactactgccattttctcttgtttagtatgaaatatcatgaaagtatgagcaagttatactatagtcacatagttgtcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133885_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G133885_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os01g72940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagatgcttcatttattgatgtttctagtgtgactactgccattttctcttgtttagtatgaaatatcatgaaagtatgagcaagttatactata-gtcacatagttgtcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTG
                  | | |||       |  | ||  | || || |  ||||   |  ||||  ||||   |  || || ||| |||| |  | |||| | |  |  |||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  ||
-----------------gtaaagttctacacttatcaacaacaatatttttctgttcttttggaaacttcatatgaa-attagtaagctatattccaagtcatacatcttccatgtgtagGTGGATGTTTAAGCTTAGCGAATGGGCTCATTTTTCCTCGTATGATGTTGGTTTGCACTCGGGCTCTACTGCTTCTCATATCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34391219|gb|CF384447.1|CF384447
EST:     TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCAT-CTTAT-GG                         GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
genomic: TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATCCTTATGGGgtaagatgct ... tcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
EST: gi|30591314|gb|CD052310.1|CD052310
EST:     TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCAT-CTTAT-GG                         GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
genomic: TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATCCTTATGGGgtaagatgct ... tcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
EST: gi|6194530|gb|AW146634.1|AW146634
EST:     TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATC-TTATGGG                         -TGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
genomic: TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATCCTTATGGGgtaagatgct ... tcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG
EST: gi|71440590|gb|DR821640.1|DR821640
EST:     TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATC-TTATGGG                         -TGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCCCGTATGATGTGGG
genomic: TCAGATTATGACTGGTGGATTTCTAACTGACAAACAGGCATCCTTATGGGgtaagatgct ... tcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatatcatgaaagtatgagcaagttatactatagtcacatagttgtcatgtgcagGTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTG
                       ttatactata  TA-rich tract