Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagggacaattttctcatttgagttaattatgttttgaactagcaaaaactgaaagacgaatttgtgtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGCTACCAAGCAGCAGCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133749_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71758651|gb|DR956588.1|DR956588
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|78110506|gb|DV528916.1|DV528916
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|78110507|gb|DV528917.1|DV528917
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|78120249|gb|DV538633.1|DV538633
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|60355334|gb|DN222307.1|DN222307
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|76287081|gb|DV026649.1|DV026649
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|5932732|gb|AW057093.1|AW057093
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|31664125|gb|CD573305.1|CD573305
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|213186763|gb|FM190552.1|FM190552
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|60349571|gb|DN216544.1|DN216544
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
EST: gi|93283432|gb|EB675696.1|EB675696
EST:     TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAG                         GATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC
genomic: TACATTTTGATATTGAGCCCTGCGGTAGACATCTAGCCACTGGTGGGCAGgtgagggaca ... gtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttaattatgttttgaactagcaaaaactgaaagacgaatttgtgtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGCTACCAAGCAGCAGCTG
 agttaat  putative branch site (score: 4)
                                            tgtctcc  putative PPT
     attatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagggacaattttctcatttgagttaattatgttttgaactagcaaaaactgaaagacgaatttgtgtctccatagGATGGCATGGTCCATGTATATGACCTTCAAGGTGGTCAATGGGTAACCGGCTACCAAGCAGCAGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG