1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...taattgtttccttgttctgtcttgttcttggagcttcgaagacaacttacattggataagagggactactctgaccttcaaaatcttgtcatgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G118316_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAAGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|149101262|gb|EE187374.2|EE187374
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAANACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGGATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|78088193|gb|DV516586.1|DV516586
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|93017256|gb|EB642776.1|EB642776
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: NNNNTGGA-CTGTGCCTTAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTEST: gi|71757145|gb|DR955082.1|DR955082
genomic: CCC-TGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTT
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|60398827|gb|DN231643.1|DN231643
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: GTGCCT-AAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|91049687|gb|EB160105.1|EB160105
genomic: GTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|211267317|gb|FL091731.1|FL091731
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|34391167|gb|CF384395.1|CF384395
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTCGAGGCTCTGGTGTG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|211533908|gb|FL308317.1|FL308317
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGYGCCTAAAACATGTAAAACATGTCGAGGCTCTGGTGTG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAAATGTACTEST: gi|71427930|gb|DR808980.1|DR808980
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAA-TGTACT
EST: TAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCEST: gi|91049823|gb|EB160241.1|EB160241
genomic: TAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCEST: gi|67040336|gb|CO466591.1|CO466591
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCC
EST: AGGCTCTGGTGTG ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: AGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
cttacattggataagagggactactctgaccttcaaaatcttgtcatgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG
ttcaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taattgtttccttgttctgtcttgttcttggagcttcgaagacaacttacattggataagagggactactctgaccttcaaaatcttgtcatgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG
- - - - - - tgttctg
- - - - - - - - - - - -gttcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accttca