Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgaatgagtactatgatgtttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G096343_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g57710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtatgtatgaatgagtactatgatgtttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG
                       |   | ||  |  ||   | |      |   ||| || |||||   | |||| | ||  |||  |   |  | | |||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||
----------------------gtaggtacagatgactactttcatactgtgatgtt-ctgcttctgcaacttgcgaaatg-ctaattgccctagcg-tctgctcgtagGTTGCCCGTGGTGATAAGACTGATGAAGACGGTGTGCCCATGCTGTTAAAAATCCCACGAATGTTTGATCCATGGGGTGGATTCAGTATCATTGGCTTTG

upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G42940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgtatgaatgagtactatgatgtttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgc---agGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG
                  ||  || | | | ||||  |   |  |    ||| | | ||  | | | | |||| |||    | ||  | ||| |    | | ||  |   |||| || || || ||    | ||  || |||||  | |||||| |  | ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
----------------gttagtatatgttctattc--taattcatgacaatc-actatcaccctatgt-atttactaat--tttaattttgcttactttttactcaccatagGTGGCCCGAGGCGATCGAAGTGGAGAAGATGGAATTCCCATGTTACTGAAGTTCCCTCGGATTTTTGATCCATGGGGTGGTTACAGCATCATAGGTTTTG

upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA11G02540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgtatgaatgagtactatgatgt-ttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgc---agGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG
           | |||| |||| | | ||  |||||      ||  | |||     | ||  | | | | |||| |||    | ||  | | | |    | | ||  |   |||| || || |||||    | ||  || |||||  | |||||| |  | ||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
----------gttagtattatgctctattctaattca-----tgacaatcac----tatcaccctatgt-atttactaat--tttaatttttcttactttttactcaccatagGTAGCCCGAGGTGATCGAAGTGGAGAAGATGGAATTCCCATGTTACTGAAGTTCCCTCGTATTTTTGATCCATGGGGTGGTTACAGCATCATAGGTTTTG

upper sequence: GRMZM2G096343_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv02s0025g03400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtatgtatgaatgagtactatgatgt-ttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatc--tagctatgcatgtggtctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG
||| |||    |   | |    || |  |  |    | |   ||    |||  || | |      || | |  | ||| | | |  ||   ||   |   || |   |  |||| || |||||||| |  | ||   |||||||| | || |||||  | ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
gtaagtactgcttttttcacccatatgctagaccatggttattgtggttcaaataatgtgcaga-ctttcaaatactaaaaagcattataaattggtcatgtttttatatagGTAGCTCGTGGTGATAGAAGTGGACAGGATGGTATTCCTATGCTACTGAAGATCCCCCGCATGTTTGATCCATGGGGTGGTTACAGTATCATTGGCTTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76282121|gb|DV021689.1|DV021689
EST:     AAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTG                         GTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
genomic: AAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
EST: gi|60344430|gb|DN211403.1|DN211403
EST:     TCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTG                         GTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
genomic: TCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
EST: gi|67041082|gb|CO467337.1|CO467337
EST:     TCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTG                         GTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
genomic: TCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
EST: gi|71422113|gb|DR805618.1|DR805618
EST:     AAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTG                         GTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG
genomic: AAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 84

GTGGGTTCAGCCCTCCTGGGTTGTGCCTTCTTATATGACATCTTCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 163

GTGGGTTCAGCCCTCCTGGGTTGTGCCTTCTTATATGACATCTTCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 167

GTGGGTTCAGCCCTCCTGGGTTGTGCCTTCTTATATGACATCTTCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 116

GTGGGTTCAGCCCTCCTGGGTTGTGCCTTCTTATATGACATCTTCTGGGTTTTTATCTCCAAGATGTTGTTCCATGAAAGTGTGATGATTGTGgtatgtatga ... ctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG
                                            tctgctt  CT-rich tract
           tatgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatgaatgagtactatgatgtttgcaattcgctgtctgctagtcatctagtttcttcttctatgatttgctagatatctagctatgcatgtggtctgcttgcagGTTGCACGTGGTGACAAGACTGATGAGGATGGTGTACCCATGCTGTTAAAGATTCCTCGGATGTTTGATCCATGGGGTGGATACAGCATCATAGGCTTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA