Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgctctcttcagcggaattgagtaaaaaactgtgtggtgtaaaattttgatttctgatgtgatattgtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088088_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6449685|gb|AW181225.1|AW181225
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|6563952|gb|AW231574.1|AW231574
EST:     ACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGNCCNCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: ACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40303682|gb|CK348069.1|CK348069
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|12058264|gb|BF733097.1|BF733097
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|7262327|gb|AW585270.1|AW585270
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|37374371|gb|CF623537.1|CF623537
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|60353322|gb|DN220295.1|DN220295
EST:     CAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: CAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|22549197|gb|BU101398.1|BU101398
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|26456749|gb|CA828332.1|CA828332
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32919261|gb|CF024073.1|CF024073
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|94477953|gb|EB706911.1|EB706911
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGTCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40337118|gb|CK371188.1|CK371188
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|60336617|gb|DN203590.1|DN203590
EST:     CAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: CAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868310|gb|CF007992.1|CF007992
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868100|gb|CF007782.1|CF007782
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|87157785|gb|DY402574.1|DY402574
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|40302975|gb|CK347362.1|CK347362
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|30087457|gb|CB885663.1|CB885663
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|20803233|gb|BQ294283.1|BQ294283
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|32868099|gb|CF007781.1|CF007781
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|211134466|gb|FL464557.1|FL464557
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|37397624|gb|CF636112.1|CF636112
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG
EST: gi|26559056|gb|CA831291.1|CA831291
EST:     TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTCCTCTGG
genomic: TTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 225

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 181

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 123

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 164

AGGAAGATGATGCCATGCCCTCAGGCGACAATCCCCAGAATGGCTTCAACTTTGGGAACCAGCCCTCTGTTCCATCAGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtacgctctc ... gtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaaaaactgtgtggtgtaaaattttgatttctgatgtgatattgtacatgcagATGCCCATTTGGAATGGCCGCTGTGCCATTATGCCTTGGCTAGTGCTCTGGGCTAGTCAGAGGTGTGGGGTAGCGGCGTCAACCAAGTCATGGTTGAGTC
                              ttctgat  putative branch site (score: 164)
                tgtaaaattttgattt  TA-rich tract