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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatatagttcttgaatcagatataccttgcactaaattgttgggaacatgacatgattttttatgatatattttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATACCCTATCATGCGCCTTCTTTTGGAGGCTGTGAGAGCATAATTGATCAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G075153_T03
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G075153_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g25940.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtaaatatagttcttgaatcagatataccttgcactaaattgttgggaacatgacatgattttttatgatatat--tttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATACCCTATCATGCGCCTTCTTTTGGAGGCTGTGAGAGCATAATTGATCAGC
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gtactttcttctctttaatt---ctcatctcacctgtggatataacaccacccatttaaatttctaaaataccttgtctgtgcagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACTAGGAGATTTATTGATTCTGTTAAGATACCCTATCATGCCCCATCATTTGGGGGCTGTGAGAGCATTATTGATCAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89248894|gb|DY620680.1|DY620680
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|149094738|gb|EE180294.2|EE180294
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|67012102|gb|CO440851.1|CO440851
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|60395696|gb|DN228566.1|DN228566
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|5847526|gb|AW000605.1|AW000605
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|4804475|gb|AI665345.2|AI665345
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|5055402|gb|AI734289.1|AI734289
EST:     NCATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|9825106|gb|BE575308.1|BE575308
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|6020582|gb|AW065615.1|AW065615
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|5525742|gb|AI861635.1|AI861635
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|5847377|gb|AW000456.1|AW000456
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|88750228|gb|DY534369.1|DY534369
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|71419167|gb|DR804675.1|DR804675
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|61119178|gb|DN560139.1|DN560139
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|67012003|gb|CO440752.1|CO440752
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|211484408|gb|FL480088.1|FL480088
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|148933982|gb|EC877980.2|EC877980
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|60398293|gb|DN231109.1|DN231109
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|78122335|gb|DV540719.1|DV540719
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTTTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|13515896|gb|BG518172.1|BG518172
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|4647443|gb|AI622518.1|AI622518
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|16379839|gb|BI993172.1|BI993172
EST:     GCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACCTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: GCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|4624372|gb|AI615205.1|AI615205
EST:     CTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: CTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|76291941|gb|DV031509.1|DV031509
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|60355129|gb|DN222102.1|DN222102
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|29946122|gb|CB815990.1|CB815990
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|60352254|gb|DN219227.1|DN219227
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|74245809|gb|DT653723.1|DT653723
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|71763831|gb|DR961768.1|DR961768
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|60397682|gb|DN230498.1|DN230498
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|47962545|gb|CN845254.1|CN845254
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|211038907|gb|FL471521.1|FL471521
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|213192843|gb|FM182914.1|FM182914
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|32914041|gb|CF018853.1|CF018853
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
EST: gi|30705989|gb|CD058994.1|CD058994
EST:     ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAG                         GGTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA
genomic: ACATTGCCAAGAGTCAAATGACTGGCTTTGGCGGTGTTGTTAGTTTTGAGgtaaatatag ... ttttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgcactaaattgttgggaacatgacatgattttttatgatatattttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATACCCTATCATGCGCCTTCTTTTGGAGGCTGTGAGAGCATAATTGATCAGC
    cactaaa  putative branch site (score: 2)
                      atgacatgatttttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatatagttcttgaatcagatataccttgcactaaattgttgggaacatgacatgattttttatgatatattttgtgtagGTTGCTGGAGACTTTGATGCTACGAGGAAATTCATTGATTCTGTTAAAATACCCTATCATGCGCCTTCTTTTGGAGGCTGTGAGAGCATAATTGATCAGC

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