1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgagtggacgacagtccccccccccccccttgttttcccctgctgctgtgatgtaatgctctagctagctaacacttgctaaacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGGTGTTGCTATGTACTCTTACATTAAGGCTAAGATTGAAGAGGAGAAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G070605_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAATGTGTTGAAACGTGTTTTTGTCATTGGTTTCTCAATCATCGTTTTTG GCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGEST: gi|32928957|gb|CF033769.1|CF033769
genomic: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTGgtgagtggac ... aacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
EST: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTG GCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGEST: gi|211010423|gb|FL349731.1|FL349731
genomic: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTGgtgagtggac ... aacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
EST: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTG GCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGEST: gi|213168524|gb|FM182487.1|FM182487
genomic: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTGgtgagtggac ... aacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
EST: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTG GCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGEST: gi|32851134|gb|CD990815.1|CD990815
genomic: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTGgtgagtggac ... aacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
EST: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTG GCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
genomic: CAATGTGTTGAAGCGTGTGTTTGTCATTGGCTTCTCAATCGTTGTTTTTGgtgagtggac ... aacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTG
cccctgctgctgtgatgtaatgctctagctagctaacacttgctaaacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGGTGTTGCTATGTACTCTTACATTAAGGCTAAGATTGAAGAGGAGAAAAG
tgctaaa putative branch site (score: 823)
atgtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtggacgacagtccccccccccccccttgttttcccctgctgctgtgatgtaatgctctagctagctaacacttgctaaacctcacagGCAACAAAATTAGCACACAAACTGGAATTGGCACGTCCATTGCCATAGCTGGTGTTGCTATGTACTCTTACATTAAGGCTAAGATTGAAGAGGAGAAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA