Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatgacatcctttttgtatttctggctcaatatggattacttaacagtttctggagctgacatagtgacatcgacgtattaacatgtttgatcctatccgtccatatgcttcccttgttaaatatgtacttgctcttagctataggttgctgttatgaaccagttcaattctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGATGGCATTACTTGTTGGTATGAGCCCTCATGAGCGAAGGCGTCTTGAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G048819_T02
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G048819_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g32890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtgatgacatcctttttgtatttctggctcaatatggattacttaacagtttctggagctgacatagtgacatcgacgtattaacatgtttgatcctatccgtc-catatgcttcccttg-ttaaatatgtacttgctcttagctataggttgctgttatgaaccagttcaattctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGATGGCATTACTTGTTGGTATGAGCCCTCATGAGCGAAGGCGTCTTGAAA
||||||| |  |||   ||||||  ||||         | ||   ||||||||                |||| | | |||| | |  ||| || |||    ||    ||  |||  | |   |||| ||| |||    |||||  ||  |   | ||    |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| | |  ||
gtgatgagaatcttcaagtattttgggct---------tcacc--acagtttc---------------aacattgtcttattgaaacttttcatgctagttatcatcaatatttcagtagaccaaatttgttcttataattagccttaaatctgtattgctgacctattcatttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGGGATGTGACTCCTGAAGATCTTGAGATGGCATTACTTGTTGGCATGAGTCCCAATGAGCGAAGGCGACATTCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76911935|gb|DV164500.1|DV164500
EST:     TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG                         ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: gi|67015806|gb|CO444555.1|CO444555
EST:     TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG                         ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: gi|78075398|gb|DV503832.1|DV503832
EST:     TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG                         ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
EST: gi|67026083|gb|CO454832.1|CO454832
EST:     TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAG                         ATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG
genomic: TACGTCATGGATCCACTATGCCATTGAAGAGATGTGAAGAGCTAATGCAGgtgatgacat ... ttctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtacttgctcttagctataggttgctgttatgaaccagttcaattctttgcagATTGTGAAGTCATACTATGGTGGTAGAGATGTGACTCCTGAAGATCTCGAGATGGCATTACTTGTTGGTATGAGCCCTCATGAGCGAAGGCGTCTTGAAA
                                             ttctttgc  CT-rich tract
                                           aattcttt  TA-rich tract