1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...tattgttctcagcaacgcatctctgtaccttagttttgctccctaagccgacactgttttacctgttaagttcatatgctgacttattccttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACATGCCTAATTGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G044237_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|32835096|gb|CD974774.1|CD974774
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|78092274|gb|DV520648.1|DV520648
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTCCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|148938789|gb|EC883127.2|EC883127
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|32928445|gb|CF033257.1|CF033257
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|76917242|gb|DV166726.1|DV166726
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|211349360|gb|FL434476.1|FL434476
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|32833027|gb|CD972705.1|CD972705
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACAEST: gi|78027443|gb|DV495830.1|DV495830
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: ATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: ATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
agccgacactgttttacctgttaagttcatatgctgacttattccttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACATGCCTAATTGAG
tgctgac putative branch site (score: 2)
cttattccttccttgt CT-rich tract
tgtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattgttctcagcaacgcatctctgtaccttagttttgctccctaagccgacactgttttacctgttaagttcatatgctgacttattccttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACATGCCTAATTGAG
- - - - -cagcaac
- - - - - - - - - - - ctgtacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgac