Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044027_T02
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044027_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtttgtc-ctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactg-----tcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG
||||||| | ||  |  | |||  |||  ||  | | |||    |||  ||     ||| ||||| | |||||||    ||||||||   |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||| || ||||| ||||| |||||||
gtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149097834|gb|EE183762.2|EE183762
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTCCTGCTATGTCGCCGATATG                         TTTGATGTTCTTATTAGACTG
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTG
EST: gi|32841175|gb|CD980856.1|CD980856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14206834|gb|BG840512.1|BG840512
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32909997|gb|CF014809.1|CF014809
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32841101|gb|CD980782.1|CD980782
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|7216734|gb|AW562856.1|AW562856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|211032180|gb|FL277400.1|FL277400
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850262|gb|CD989943.1|CD989943
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGGCTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850632|gb|CD990313.1|CD990313
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|166620359|gb|EG312254.1|EG312254
EST:     CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850554|gb|CD990235.1|CD990235
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32866186|gb|CF005868.1|CF005868
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850616|gb|CD990297.1|CD990297
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32840626|gb|CD980307.1|CD980307
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32849033|gb|CD988714.1|CD988714
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAAACA-CACTGGGCCGATTAA
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAA-CAACACTGGGCCGATTAA
EST: gi|67013235|gb|CO441984.1|CO441984
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|213192508|gb|FM182601.1|FM182601
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148951041|gb|EC896695.2|EC896695
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAAGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTAATAGACT
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG
                                            tttgttt  CT-rich tract
                       attatatcat  TA-rich tract