Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044027_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044027_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtttgtc-ctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactg-----tcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG
||||||| | ||  |  | |||  |||  ||  | | |||    |||  ||     ||| ||||| | |||||||    ||||||||   |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||| || ||||| ||||| |||||||
gtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|83278385|gb|DV942393.1|DV942393
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32841175|gb|CD980856.1|CD980856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32165002|gb|CD670320.1|CD670320
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14206834|gb|BG840512.1|BG840512
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32909997|gb|CF014809.1|CF014809
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|71761214|gb|DR959151.1|DR959151
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32841101|gb|CD980782.1|CD980782
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|7216734|gb|AW562856.1|AW562856
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37397262|gb|CF635926.1|CF635926
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|211032180|gb|FL277400.1|FL277400
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850262|gb|CD989943.1|CD989943
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGGCTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850632|gb|CD990313.1|CD990313
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|166620359|gb|EG312254.1|EG312254
EST:     CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: CCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14202329|gb|BG836006.1|BG836006
EST:     TCCAGAAGCCAGGAAMACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|44901196|gb|CK827741.1|CK827741
EST:     TATGTCGCCGATATG                         G-TGATTGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAA
genomic: TATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGA-TGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAA
EST: gi|149097828|gb|EE183755.2|EE183755
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|149107238|gb|EE189121.2|EE189121
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|16919271|gb|BM074112.1|BM074112
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850554|gb|CD990235.1|CD990235
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|13149594|gb|BG319916.1|BG319916
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37390281|gb|CF632369.1|CF632369
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|149066781|gb|EE286923.2|EE286923
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|60359268|gb|DN226241.1|DN226241
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148945877|gb|EC891169.2|EC891169
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37377691|gb|CF625472.1|CF625472
EST:     TCCAGAAGCCAGGACCACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACGGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|40337515|gb|CK371585.1|CK371585
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GGTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGGAAACA
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGG-AAACA
EST: gi|32866186|gb|CF005868.1|CF005868
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37400341|gb|CF637522.1|CF637522
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|16926028|gb|BM079096.1|BM079096
EST:     ACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: ACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148944202|gb|EC889293.2|EC889293
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148928436|gb|EE285202.2|EE285202
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|148951041|gb|EC896695.2|EC896695
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAAGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTAATAGACT
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACT
EST: gi|37377101|gb|CF625125.1|CF625125
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32850616|gb|CD990297.1|CD990297
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32831494|gb|CD971172.1|CD971172
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|44900831|gb|CK827376.1|CK827376
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|4730338|gb|AI649504.1|AI649504
EST:     GCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: GCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32840626|gb|CD980307.1|CD980307
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32849987|gb|CD989668.1|CD989668
EST:     CTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: CTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|149097834|gb|EE183762.2|EE183762
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTCCTGCTATGTCGCCGATATG                         TTTGATGTTCTTATTAGACTG
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTG
EST: gi|32849033|gb|CD988714.1|CD988714
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCAATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAAACA-CACTGGGCCGATTAA
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAA-CAACACTGGGCCGATTAA
EST: gi|37391875|gb|CF633182.1|CF633182
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14245099|gb|BG873681.1|BG873681
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|32916547|gb|CF021359.1|CF021359
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|18165420|gb|BM335259.1|BM335259
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|67013235|gb|CO441984.1|CO441984
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14203684|gb|BG837361.1|BG837361
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37373887|gb|CF623268.1|CF623268
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|14244528|gb|BG840193.2|BG840193
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|213192508|gb|FM182601.1|FM182601
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|7242239|gb|AW574412.1|AW574412
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGTTTTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|40334263|gb|CK368333.1|CK368333
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|37398452|gb|CF636539.1|CF636539
EST:     ACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: ACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|211032182|gb|FL277402.1|FL277402
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|6601652|gb|AW256048.1|AW256048
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|5069937|gb|AI737902.1|AI737902
EST:     TGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAACGGAACCAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC
EST: gi|83279397|gb|DV943405.1|DV943405
EST:     TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATG                         GTTGATGGTCTTATTAGGCTGATGAATGGAAACAACACTGGACCGATTAAC
genomic: TCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 312

TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 576

TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 767

TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1094

TGGCGAACCCCTTACTGTCCAGAAGCCAGGAACACAGACTAGGAGCTTCTGCTATGTCGCCGATATGgtttgtcctc ... ttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttggtcagaacactgtcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG
                                            tttgttt  CT-rich tract
                       attatatcat  TA-rich tract