Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatttgacattcatatttctgagatgttctgttgtctacattatgtatttttcttggtgaatgttttactaacatttgtgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACTGGATGTGTGTTTAGAAGGCAGGCATTATATGGTTATGATGCCCCCAAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028353_T02
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g24190.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtaagatttgacattcatatttctgagatgttctgttgtctacattatgtatttttcttggtgaatgttttactaacatttgtgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACTGGATGTGTGTTTAGAAGGCAGGCATTATATGGTTATGATGCCCCCAAAA
|||||||||| |   ||||||||||||||  |||  |    |  |||| || ||||||||  |    |||  ||||||||||     | ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
gtaagatttgcc--ccatatttctgagatactctcctacacaagttatttaattttcttgcag----tttatctaacatttgcttgttacagATCAACATGAAAGGCTTGGATGGTATCCAAGGCCCCATCTATGTTGGTACTGGATGTGTCTTTAGAAGGCAGGCATTGTATGGTTATGATGCCCCCAAAA

upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv18s0122g00120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----------------gtaagatt-tgacattcatatttctgagatgttctgttgtctacattatgt-atttttcttg---gtgaatgttttactaacatttgtgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACTGGATGTGTGTTTAGAAGGCAGGCATTATATGGTTATGATGCCCCCAAAA
                 | | |||    ||||  |  | |||   | |||| ||||   ||| |  | | || |||||   |  ||   |    |   |  | | || | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| || || |
gtgagcatgcacttctttcatattgcctcatttcttctgctgttcttttct-ttgttctcataacatcaattatcttgtatgccaagactaatttgcaaactctactttccagATTAACATGAAAGGTTTAGATGGCATTCAAGGACCCATATATGTTGGGACTGGATGTGTGTTCAGAAGGCAAGCGCTATATGGTTATGATGCTCCAAAGA

upper sequence: GRMZM2G028353_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv03s0038g04250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtaagatttgacattcatatttctgagatgttctgttgtctacattatgtatttttcttggtgaatgttttactaacatttgtgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACTGGATGTGTGTTTAGAAGGCAGGCATTATATGGTTATGATGCCCCCAAAA
|||||  |  |  |    || |||  ||||  ||  | |  | | | |  |  |||  |   || ||  ||  | |  ||| |       |||||||||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||||
gtaagcctgcagttctccatatctt-gatg--ctagttttgatagtttagagcttttctatcgattgacttggtcat-tttatatgcactagATCAACATGAAAGGCTTGGACGGAATTCAAGGACCCATTTATGTGGGTACTGGGTGTGTCTTTAGAAGACAGGCATTCTATGGTAATGATGCTCCAAAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211016380|gb|FL362480.1|FL362480
EST:     GGATTGATCGCCATGACCGATATGCTAACAGGAATGTTGTCTTTTTCGAT                         ATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACT
genomic: GGATTGATCGCCATGACCGATATGCTAACAGGAATGTTGTCTTTTTCGATgtaagatttg ... tgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACT
EST: gi|160481592|gb|EY254424.1|EY254424
EST:     GGATTGATCGCCATGACCGATATGCTAACAGGAATGTTGTCTTTTTCGAT                         ATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACT
genomic: GGATTGATCGCCATGACCGATATGCTAACAGGAATGTTGTCTTTTTCGATgtaagatttg ... tgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctacattatgtatttttcttggtgaatgttttactaacatttgtgctgtgcagATCAACATGAAAGGTTTGGATGGTATTCAGGGTCCGATTTATGTTGGTACTGGATGTGTGTTTAGAAGGCAGGCATTATATGGTTATGATGCCCCCAAAA
                                 tactaac  putative branch site (score: 0)
      attatgtatttttctt  TA-rich tract