1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...caccaccaagattatggaaattctcgaatttcagtggaattttgccgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAGGTATATATTACATAACTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G028307_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|32932602|gb|CF037414.1|CF037414
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGGTCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGEST: gi|32940378|gb|CF045197.1|CF045197
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAG
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|32945347|gb|CF050166.1|CF050166
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGACTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAA ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|71444846|gb|DR825896.1|DR825896
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTAEST: gi|32940462|gb|CF045281.1|CF045281
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGATTAEST: gi|93013110|gb|EB638630.1|EB638630
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
EST: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTTTTTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAG ATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
genomic: CAGAGATCAGGCTTCCTATGTTCTCTGCATGCAGGTGGCATGCAAAACAGgtaagatctc ... atgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTA
cgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAGGTATATATTACATAACTT
aataatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caccaccaagattatggaaattctcgaatttcagtggaattttgccgaaattttgccaactgaacttgtggcatttgttacacatgaataatgaatgcagATGTGGGAGTTAAATGCGAATGGAAATCTTGTGAGCAGCTATTCAAGGTTATGTGCCACAGTGGAATCAAGGGACGAAGGAGGTATATATTACATAACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG