Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcagatatgcgaatttgttcataattatagcctttgctatcattgttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G020574_T07
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G020574_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g45350.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
tgcagatatgcga---atttgttcataattatagcctttgctatcattg--ttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT
  ||  | || ||   ||   |   |   |  | | |||| | |||||    ||||||| |  ||  ||| ||  || |  |  || | |      |     ||||||||| |||||||| |||||| ||   |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
-tcatctttgtgatcgatacatctctttatgcaacttttgttctcattaaactgtcacctcaaaa-atttatgaatgaatatgtaaatcaaac---accgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGTCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTGAGAACTTTCCGCCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211186565|gb|FL127373.1|FL127373
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|78091037|gb|DV519411.1|DV519411
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|87152514|gb|DY397303.1|DY397303
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|24764606|gb|CA399770.1|CA399770
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|76917345|gb|DV166780.1|DV166780
EST:     GACATATGGGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|6448394|gb|AW181160.1|AW181160
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|211425519|gb|FL467622.1|FL467622
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|18659370|gb|BM500302.1|BM500302
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|89764185|gb|DY691083.1|DY691083
EST:     TGTTTTTGTGCC                         G
genomic: TGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacag-
EST: gi|89764185|gb|DY691083.1|DY691083
EST:     TGTTTTTGTGCC                         G
genomic: TGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacag-
EST: gi|22489496|gb|BU049419.1|BU049419
EST:     TGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: TGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|71440171|gb|DR821221.1|DR821221
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|71762996|gb|DR960933.1|DR960933
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|71759763|gb|DR957700.1|DR957700
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: gi|17970064|gb|BM276831.1|BM276831
EST:     GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC                         GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT
                                         ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                         ttctaatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcagatatgcgaatttgttcataattatagcctttgctatcattgttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
tgcagat
- - - - - - - - - - - - - - - - -tttgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaatg