Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgctacatatggtggttctcacagtatacctgtatgttctcattcacatagcgtcctgatgcacaattagcactgtgatgatcttaaaatcctatttatttgtgatgagtccttgttagttgatagttttctatatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G015989_T01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g01280.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
gtaaatgctacatatggtggttctcacagtatacctgtatgttctcattcacatagcgtcctgatgcacaattagcactgtgatgatcttaaaatcctatttatttgtgatgagtccttgttagttgatagttttctatatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAAC
|| ||| || |   |  | |||   | | | ||  | |  | |  |||||| | ||| | ||||||||||   || |                    |||   |||||  |      |||||| || ||||||| || | |  |||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||
gtgaatacttc---tctttgttaatataatttaattttgggattgcattcagagagccttctgatgcacatagagta--------------------tatgggtttgttgt------ttgttacttaatagtttgctctgtg-gcagGCGGCTGTTGAGGAAGGTATTGTTGTTGGAGGTGGCTGTACGCTTTTGCGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCCATTATAGAAACACTTGAGAATGATGAAC

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G18760.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtaaatgctacatatggtggttctcacagtatacctgtatgttctcattcacatagcgtcctgatgcacaattagcactgtgatgatcttaaaatcctatttatttgtgatgagtcc--ttgttagttgatagttttctatatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAAC
                                                                          |     |  |  |    |||   | |  |||| |   || ||    ||| || | |||||||  |  | || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |||| ||||||||||| || |||||||| |  || | |||||| || |||||| 
--------------------------------------------------------------------------gtgtccttttctttcccaaagtttttagattttttgggattctgtctgtaagctaatagtttgttg-actttcagGCAGCTGTAGAGGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGCACTCTTCTGAGACTTGCATCAAAGGTGGATGCAATCAAGGATAGCCTTGATAATGATGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33093495|gb|CF053489.1|CF053489
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|67024753|gb|CO453502.1|CO453502
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|211490742|gb|FL282858.1|FL282858
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840618|gb|CD980299.1|CD980299
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32840181|gb|CD979862.1|CD979862
EST:     AACTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|22491347|gb|BU051270.1|BU051270
EST:     AAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|60396892|gb|DN229711.1|DN229711
EST:     AAAGAAATTGAGGGTTGAGGA-GCCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AAAGAAATTGAGGGTTGAGGATG-CCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32867895|gb|CF007577.1|CF007577
EST:     ATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: ATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32935097|gb|CF039909.1|CF039909
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
EST: gi|33093072|gb|CF053066.1|CF053066
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|67018624|gb|CO447373.1|CO447373
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840587|gb|CD980268.1|CD980268
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|211161903|gb|FL325520.1|FL325520
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCARCAGTCGAGGAAGGTATCGKTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|7238275|gb|AW573542.1|AW573542
EST:     AGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|78081966|gb|DV510378.1|DV510378
EST:     AAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCACCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTCCCCTTTTGAGG
genomic: AAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|33099832|gb|CF059792.1|CF059792
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
EST: gi|32840153|gb|CD979834.1|CD979834
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32933116|gb|CF037928.1|CF037928
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|33091567|gb|CF051561.1|CF051561
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32867923|gb|CF007605.1|CF007605
EST:     AGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840911|gb|CD980592.1|CD980592
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
EST: gi|37379284|gb|CF626383.1|CF626383
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32933836|gb|CF038648.1|CF038648
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
EST: gi|16926381|gb|BM079449.1|BM079449
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAAGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|31356086|gb|CD440443.1|CD440443
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|67018533|gb|CO447282.1|CO447282
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|29544666|gb|CB605046.1|CB605046
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|33095277|gb|CF055271.1|CF055271
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTA
EST: gi|67021281|gb|CO450030.1|CO450030
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|26457560|gb|CA829143.1|CA829143
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|211181594|gb|FL462638.1|FL462638
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840280|gb|CD979961.1|CD979961
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32840621|gb|CD980302.1|CD980302
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32840609|gb|CD980290.1|CD980290
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|33094337|gb|CF054331.1|CF054331
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
EST: gi|32934585|gb|CF039397.1|CF039397
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|211033566|gb|FL449282.1|FL449282
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATC---GTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840466|gb|CD980147.1|CD980147
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|67017327|gb|CO446076.1|CO446076
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|21891546|gb|BQ744759.1|BQ744759
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|40335213|gb|CK369283.1|CK369283
EST:     GGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: GGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|4834970|gb|AI670196.1|AI670196
EST:     AATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32841055|gb|CD980736.1|CD980736
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
EST: gi|78081967|gb|DV510379.1|DV510379
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|67011543|gb|CO440292.1|CO440292
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|67022736|gb|CO451485.1|CO451485
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAACGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|29945491|gb|CB815666.1|CB815666
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|33100370|gb|CF060330.1|CF060330
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|211268018|gb|FL355151.1|FL355151
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32841445|gb|CD981126.1|CD981126
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
EST: gi|37380525|gb|CF627079.1|CF627079
EST:     AATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|33095378|gb|CF055372.1|CF055372
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTAC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTAC
EST: gi|19272604|gb|BM888860.1|BM888860
EST:     AAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: AAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|166517412|gb|EG190511.1|EG190511
EST:     ATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
genomic: ATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGG
EST: gi|32840449|gb|CD980130.1|CD980130
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGT
EST: gi|32841470|gb|CD981151.1|CD981151
EST:     AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAG                         GCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC
genomic: AGCTCAAGGAAAAGAAATTGAGGGTTGAGGATGCCCTGAATGCTACAAAGgtaaatgcta ... atatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcctatttatttgtgatgagtccttgttagttgatagttttctatatttgcagGCAGCAGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAAC
                              agttgat  putative branch site (score: 5)
                                       ttttctat  putative PPT
                                   atagttttctatattt  TA-rich tract